克隆文库分析红树林土壤中放线菌的多样性.pdfVIP

热带作物学报 2012，32(8)：1466—1470 ChineseJournalofTropicalCro 克隆文库分析红树林土壤中放线菌的多样性 谢晴宜，屈 直，马海霞，洪 葵 中国热带农业科学院热带生物技术研究所 ．海南海 口 571101 摘 要 直接提取 8个红树林土壤 的总 DNA．用放线菌 门的特异性 PCR引物进行扩增 ．通过构建 16SrRNA文 库 ，测序及系统发育分析 ，获取新颖放线菌菌株。结果发现 ，有酸微菌亚纲 (Acidimierobidae)(30．2％)、放线菌 亚纲(Actinobaeteridae)(68．0％)、红蝽菌亚纲(Coriobaeteridae)(1．1％)和去腈基菌亚纲 (Nitriliruptoridae)(0．7％) 成员 ，没有红色杆菌亚纲 (Rubrobaeteridae)成员。仙农指数和 Chaol物种多样性指数 (Schao1)表 明，红树林土壤 样 品中含有丰富的放线菌多样性 。以 16SrDNA基因的相似率997％作为临界点 ．45．1％可能代表新候选种 (candidatespecieS)(未培养 、分离)。本研 究为进一步获取新颖 的红树林放线菌资源提供 了基础 。 关键词 红树林土壤 ；克隆文库 ；放线菌：多样性． 中图分类号 Q939．13 文献标识码 A CloneLibrary AnalysisofActinobacterial Diversity in M angroveSoils XIEQingyi，QUZhi，MAHaixia，HONGKui InstituteofTropicalBiosciencesandBiotechnology,ChineseAcademyofTropicalAgriculturalSciences，Haikou571101，China Abstract Cultivati0n—independentmethodscould be used to gain an insightinto the presence，distribution and taxonomic diversity ofActinobacteria in naturalhabitats．In this research，totalDNA were extracted directly from soilsamples collected rfom eightmangrove areas in the south China，and used asthe template forpolymerase chainreaction(PCR)amplification，whichemployedspecificprimersforphylum Actinobacteria．The16SrRNAgene librarieswere then constructed．Biodiversity was analyzed by DNA sequencing and phylogenetic characters．The resultsrevealed therewerefoursubclassesinActinobacteriaphylum：Acidimicrobidae(30-2％)，Actinobacteridae (68．0％)，Coriobacteridae(1．1％)andNitriliruptoridae(0．7％)，butwithoutthesubclassofRubrobacteridae．The resultsofdiversityShannon—WienerindexfH )and calculated speciesrichness(Schao1)indicated thatculture— independentstudies showed thatmangrove soilhad a high diversity of Actinobacterialspecies thatwere rarely recoveredbycultivatio