家系虚寒证和非家系虚寒证基因表达谱比较研究.pdfVIP

第三届中医方证基础研究与临床应用学术研讨会论文集 家系虚寒证与非家系虚寒证基因表达谱比较研究 杨丽萍1，汤红琴1，丁维俊2，王米渠2 (1河南中医学院生物化学与分子生物学学科，河南郑州4500082成都中医药大学遗传研究室，Bill成都 610075) 【摘要】目的：探讨家系虚寒证与非家系虚寒证在宏观证候及微观基因表达的异同．方法：利 用生物信息学各种方法挖掘基因表达谱数据，获得差异基因、差异功能类及差异分子通路．结 果：家系虚寒证和非家系虚寒证在宏观证候和临床表现上没有显著差别，但基因表达水平上显 著不同，家系虚寒证和非家系虚寒证差异表达的基因种类不同，在染色体上的分布有差异，影 响的功能不同，并通过不同的通路发挥作用．结论：对家系虚寒证的基因表达谱分析只能适用 于该家系病因分析，对非家系虚寒证的发生机制还需相关的实验研究．但可借鉴研究家系虚寒 证基因表达谱的方法． 【关键词l基因表达谱；家系；差异基因；功能模块 家系研究法(Pedigreemethod)是经典遗传学研究方法。超过95％I拘人类遗传病由家系研究途 径获得【卜2】。但中医学目前还缺少严格意义的家系与证候关联性研究。从家系虚寒证基因表达谱 中获得的结论是否具有普遍适应性一直是众多学者的疑虑。鉴此，本论文从宏观证候、基因表 达等不同层次探讨家系虚寒证与非家系虚寒证基因表达谱之间的异同。 1病例选择 1．1虚寒证家系的选择 依据本课题组制定的虚寒证量表的评分要求和原则【31，在成都市区筛查到一个4代28人的 典型虚寒证家系。对家族成员逐一进行评判，并由成都中医药大学中医诊断专家严石林教授最 后确诊。获得虚寒证确诊该家系成员中典型虚寒证12人(男4人，女8人)，不典型虚寒证8 人(男5人，女3人)，正常人8人(男5人，女3人)，(其中死亡的3个个体依据病历判定)。 1．2非家系虚寒证及健康对照的选择 在成都市区筛选出24例典型虚寒证患者，其中男性9例，女性15例，年龄在60．70岁之间， 平均年龄66岁。另按正常人筛选标准，选定正常对照男性5例，女性5例，年龄在60-70岁之 间，平均年龄62．3岁。所有样本均用于芯片实验。 2材料和方法 2．1芯片杂交方法 家系虚寒证与家系正常人，非家系虚寒证与正常人。标本的采集、处理及基因芯片的检测 ．109． 二实验研究 方法参见文献【41。共完成10张基因芯片检测。 2．2芯片图像的采集与数据分析 Pro 采用GenePix4．0图像分析软件(AxonInstruments公司)对芯片图像进行分析，把图像 信号转化为数字信号；然后对芯片上的数据用Lowess方法进行归一化：最后以差异为两倍的标 准来确定差异表达基因。 2．3数据分析与信息挖掘 2．3．1数据的预处理 按文献方法f5】对数据进行预处理。删除缺失率大于15％的基因，对保留表达谱数据进行以 2位底的对数转换，对每张芯片进行中位值(median)标准化处理，得到14591个基因表达数值。 通过SOURCE数据库对所有通过筛选标准的基因进行功能注释。 2．3．2差异表达基因的选择 modified 采用了unviariate test，randomvarianceversion t-test，将所有CY5标记的 significance 虚寒证样本用RID，CY3标记的正常人用GID做分类标签，该方法通过对每一个基因标准化后 的CY5和CY3荧光强度对数值计算t值，显著性水平取O．005，筛选两样本间的差异基因。将上 BioinformaticResources2006functionalannotation 述筛选的差异基因注入DAVID tools进行各基 块和差异的通路模块，删除冗余的GO功能类和通路。 2．3．3差异表达基因功能模块和分子通路模块分析 FatiG0161是一个对基因组实验的功能注释软件，它可以同时对差异基因进行GO注释和通 路注释。在GO的注释中，可以同时在三个类别中对差异