广义差错长序列的数据库搜索及其快速算法.pdfVIP

广义差错长序列的数据库搜索及其快速算法 沈世镒1胡刚1夏树涛2 1(南开大学数学科学学院，天津300071) 2(深圳清华大学研究生院，深圳518055) E—mail：shensy@nankai．edu．cn 摘要所谓广义差错是指同时可能具有符号改变、插入与删除的差错，在数据库搜索中如何对具有广义差错的语句进 行搜索是近期计算科学发展的重要问题，尤其是对长序列的搜索问题的研究还很少开展。论文对此问题进行讨论，并给 出它的快速算法。 关键词 广义差错 长序列的数据库搜索 快速算法 文献标识码A 中图分类号TP301．6 文章编号1002—8331一(2006)01—0020—03 TheFastDatabaseSearch of AlgorithmLongSequences withGeneralizedError Shen Hu XiaShuta02 Shiyil Gan91 ofMathematcScienceofNankai 30007 1(School University，Tianiin1) SchoolatShenzhenof 51 2(Graduate 8055) TsinghuaUniversity，Shenzhen，Guangdong SOcalled errorsincludenot subsitutionsbutalsoinsertionanddeletionof Abstract：The generalized only symbols．The search with in is oneofthemostattractive in ofthe of elTOrsdatabase investigation sequencesgeneralized problems science fewresearchhasbeendoneonthesearchof with long generalizederrors， computer nowaday．Since sequences wediscussthis and anewfastdatabasesearch problempresent algorithm． searchof error，database Keywords：generalized longsequences，fastalgorithm 1 引言 学中有许多特殊的处理方法。关于序列比对Blast，Fasta等软 在数据库搜索中，如果要搜索的语句不能完全确定，我们 要把它的相似语句全部搜索出来。这在近期网络理论中称为模