Channelcatfish重组激活基因克隆和鉴定.pdfVIP

维普资讯 第26卷第8期 第 三 军 医 大 学 学 报 Vo1．26．No．8 700 2004年4月 ACTA ACADEMIAE MEDICINAE MIIJTARIS FE1{1’lA}： Apr．2004 论著 炙尊编 ：I(XX)，5404(2004)08，0700—04 Channelcatfish重组激活基因克隆与鉴定 公衍文，张 云，黄 庆，张 雪，府伟灵 (第二军医大学两南医院榆验科，币庆4OOO38) 提 要：H的 尝试用简并引物扩增序列未知的channelcatfish基冈组DNA f1ragI J【J的片段并测序，为 ragI基因 的 期进化模式和遗传学变异情况的研究提供直接的证据 办法 基于 r,lgI 『的高度保、_r没计简并引物．PCR扩增 t、hannelc。atfish基因组DNA中ragl基因的片段，rA克隆并双向测序．．将所得序列资料拼接，刖多种牛物信息学力法‘分析其 ORF、内含子 、与其它物种 rag1 因及Ragl蛋白的相似性 ．并做多序列比较和系统进化树分析 结果 扩增出3条ch311一 nelcatfishrag1基因的DNA片段．．从拼接后的序列中找到一2235I)I1的ORF和一293hp的内含子．昕得序列L孑其它物种 rag1基凶的相似程度高(多大于70％)，去除人『】含子后的channelcatfishrag1基冈序列与zehMMl、rainbowtr(nIt、hullshark的 rag1基因t、DNA全序列碱基一致的位点^43．9％，自第 1352位碱基至2925位碱基为53．1％，而白第 1位喊基至 1351位 碱基为33．2％， 非常显著的差异(P0．01)．．结论 用简并引物成功扩增出channelcatfisllrag1基网的DNA片段 序列 在 (nBank中的 记号是：AY423858(去除内含子序列)，AY423859．ragl基因进化缓慢，高度保守，不同物种 rag1基2『1的 变异相对集中在氨基末端的区域。系统进化树分析显示了l3种硬骨鱼在进化 I关系的亲疏 关键词：重组激活基因；V(D)J重排：聚合酶链反应：简并引物；生物信息学 中图法分类号：o75；Q785 文献标识码：A Cloningandidentificationoftherag1geneinchann elactfish GONGYan—wen．ZHANGYun，HUANGQing，ZHANGXue，FUWei—ling(1)eparlmenlofClilficalIa1)oraloly，~)tllll~estHospila1． ThirdMilitmTMe(liealUniversity，Chongqing400038，China) Abstract：Objective 1oamplifyandsequencethefragmentsofreconflfinationactivatinggene1(rag1)flom thechannelcaftishgenomicDNA soastoprovidenew insightsintotheearlyevolutionarypattemsandthemechanisms ofgeneticdiversityofrag1gene．Methods Thedegenerateprimers，designedbased()nthehighconservedcharac— teristicsofrag1gene，wereusedtoampliyfthefiagmentsofrag1genefromhtechannelcatfishgenomicDNAby PCR．Thefragmentswer