分子和细胞生物学基础.ppt

植物生理与分子生物学 第一篇 分子与细胞生物学基础 第3章 植物蛋白质组学 蛋白质组(proteome)被定义为protein complement expressed by a genome,即由一个基因组所表达的所有蛋白质。 蛋白质组学(proteomics)表示对整个蛋白质组的研究，是指系统研究在某一特定时间、特定条件下，某一特定组织中的所有蛋白质。 蛋白质组和基因组(genome)在概念上有相关性，代表某一个蛋白质组的蛋白质是由基因组所编码的，然而蛋白质组学和基因组学在研究对象和研究方法上有很大的区别，蛋白质组的复杂性远远高于基因组。 蛋白质组学的目标是要回答关于蛋白质的四个方面的问题：细胞中蛋白质的含量、定位、活性、修饰。 植物蛋白质组的研究方法 蛋白质双向电泳 氨基酸序列测定 质谱 生物信息学 蛋白质双向电泳 蛋白质双向电泳(two-dimentional electrophoresis,2-DE)是研究蛋白质组的两个核心技术之一，也是研究蛋白质组动态变化的常用手段之一。蛋白质双向电泳根据蛋白质的等电点和相对分子质量的不同，分别通过第一维等电聚焦(isoelectric focusing,IEF)和第二维SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyacrylamide gel electrophoresis,PAGE)对蛋白质混合物进行分离。 利用双向电泳研究植物蛋白质组的基本流程： 蛋白样品提取 2-DE分离蛋白 蛋白质染色 2-DE图谱分析 蛋白点切割 蛋白酶解和鉴定 双向电泳的缺陷和解决办法 双向电泳在蛋白组的研究中存在一些缺陷，如分辨率低，尤其对低丰度的蛋白质和膜蛋白的检测；蛋白质定量比较困难；重复性以及耗时、自动化程度低等。 这些缺陷可以通过一些手段来克服： 对样品进行前期分级； 对不同的细胞器或组织进行分离； 使用宽胶条，复合重叠窄IPG凝胶； 荧光染料和双向荧光差异凝胶电泳； 多块胶垂直二维SDS系统； 2-DE工作站 质谱 质谱(mass spectrometry,MS)技术是研究蛋白质组的有一个核心技术，具有较高灵敏度，理论上可以鉴定含量在fmol水平的蛋白质和多肽。 质谱仪由离子源(ion sourse)、质量分析器(mass spectrometer)和离子检测器(ion detector)三部分组成。 分离技术与质谱结合以及在植物蛋白质组研究中的应用 “鸟枪”法(shotgun method) ICAT(isotope-coded affinity tagging,同位素编码亲和标签)和ITRAQ IMAC(immobilized metal affinity chromatography,固相化金属亲和色谱) 硫醇亲和色谱(thiol affinity chromatography)和硫氧还蛋白亲和色谱(thioredoxin affinity chromatography) 植物蛋白质组学的研究进展 植物发育蛋白质组学的研究 植物环境蛋白质组学的研究 磷酸化蛋白质组学的研究(磷酸化蛋白的富集、以2-DE为基础的磷酸化蛋白分析、鉴定磷酸化位点、植物磷酸化蛋白质组的研究现状) 植物蛋白质组学研究的前景和挑战 表达的整体分析以及蛋白质组编目 大规模的蛋白质功能研究 建立完整的蛋白质网络 第4章 叶绿体的分子生物学 叶绿体的形态及增殖调控 人们利用光学显微镜和电子显微技术对质体分裂的形态特征进行了详细的研究，发现质体分裂时的缢缩过程是由一个称为质体分裂环(plastid divisionZ-ring,PD环)的结构介导的。 细菌细胞正常分裂时，在其中部形成介导细胞分裂的环状复合物结构，该环状复合物由10多种蛋白质组成，其中，FtsZ(filamenting temprerature-sensitive)蛋白质最早在细胞中部装配成环状结构——Z环，其他蛋白质再先后与Z环相结合行使其分裂功能。 叶绿体分裂调控机制 FtsZ蛋白在原核细胞分裂中的作用 原核细胞分裂位点的选择 叶绿体分裂 质体分裂细胞学研究 ftsZ基因在植物中的发现 植物FtsZ蛋白及其功能 叶绿体分裂装置 植物叶绿体分裂位点决定基因AtMinD与AtMinE 叶绿体的生物化学 叶绿体中进行的一些生物化学过程包括： 固定碳的贮藏(淀粉合成)和转运 亚硝酸盐还原 氨基酸合成 蛋白质合成 硫酸盐还原 DNA和RNA合成 脂质(糖脂、磷脂、硫脂)合成 四吡咯(叶绿素类、细胞色素类)合成 萜类(胡萝卜素类、叶醇、醌类侧链)合成 酚类合成 所有上述各类合成产物的降解 叶绿体中新蛋白质形成的5个特点 叶绿体中的大部分多肽是由和基因编码并在细胞质中核糖体上合成的； 细胞质中所合成的叶绿体多肽的前体几乎都带有一段转运肽(transit