基因表达与其分析技术.pdfVIP

Gene Express 基因快讯2010年第2期 基因表达及其分析技术 生命现象的奥秘隐藏在基因组中，对基因组的解码 的技术，比如A ffym etr ix 公司的转录研究方面的芯片。 一直是现代生命科学的主流。基因组学研究可以说是当 以GeneChip® Human Genome U 133 Plus 2.0 Array 为例， 今生命科学领域炙手可热的方向。从DNA测序到SNP 、 该芯片可以分析多达38500个基因的47400个转录本 （而 拷贝数变异 （copy number variation, CNV ）等DNA多态性 GeneChip® Human Genome U 133A 2.0 Array 是对其中14500 分析，到DNA 甲基化修饰等表观遗传学研究，生命过程 个well-characterized human genes 的18400个转录本进行分 的遗传基础不断被解析。 析的）。从精确度、重复性、性价比等角度来讲，芯片技 基因组研究的重要性自然不言而喻。应该说，DNA 术仍然是基因表达研究的首选技术。 测序技术在基因组研究中功不可没，从Sanger测序技术到 除人全基因组表达谱芯片外，Affymetrix公司还可以 目前盛行的新一代测序技术 （Next Generation Sequencing, 提供以下物种的全基因组表达谱芯片：大鼠、小鼠、拟南 N GS ）到即将走到前台的单分子测序技术，测序技术是 芥、大麦、牛、线虫、狗、鸡、柑橘、棉花、果蝇、大 基因组解析最重要的主流技术。而基因组测序、基因组 肠杆菌、玉米、苜蓿、绿脓杆菌、蚊子/疟原虫、杨树、 多态性分析、DN A 甲基化修饰等表观遗传分析等在基 猪、恒河猴、水稻、金黄色葡萄球菌、大豆、甘蔗、西红 因组研究中是最前沿的课题。但是基因组研究终究类似 柿、葡萄、小麦、爪蟾、酵母、斑马鱼等。 “基因算命”，再清晰的序列信息也无法真正说明一个 2. 对mRNA表达而言，更重要的问题是，每个基因的 基因的功能，基因功能的最后鉴定还得依赖转录组学和 编码区域由若干外显子组成，而特定基因在不同细胞类型 蛋白组学，而转录作为基因发挥功能的第一步，对基因 中或不同发育、生长阶段或不同生理、病理状态下，外显 功能解析就变得至关重要。声称特定基因、特定SNP 、特 子存在选择性剪接 （alternative splicing ），因而会出现不 定CNV 、特定DNA修饰等与某种表型有关，最终需要转 同转录本。不同转录本正是解释同一基因具有不同功能甚 基因、基因敲除、突变、RNAi 、中和抗体等技术验证， 至相反功能的遗传基础。因此分析基因表达，不仅要知道 并必不可少要结合基因转录、翻译和蛋白修饰等数据。 基因是否表达与表达水平高低，更重要的是需要知道特定 基因实现功能的第一步就是转录为mRNA或非编码 基因表达的转录本是什么。 RNA ，转录组学主要研究基因转录为RNA 的过程。在转 如果关注全基因组所有外显子表达并希望预测每个 录研究中，下面几点是必须考虑的： 基因选择性剪接，那么基因芯片仍然是该方面研究的经典 1. 基因是否转录 （基因是否表达）及基因表达水平 技术。以Affymetrix公司的GeneChip® Human Exon 1.0 ST 高低 （基因是低丰度表达还是中、高丰度表达）。特定 Array为例，该芯片可以分析已知及预测的转录区域内的 基因有时候在一个细胞中只有一个拷贝的表达，而表达 超过1百万个外显子簇的表达，分析选择性剪接。这是迄