基于局域网的生物信息学应用和开发平台的建立.pdfVIP

第29卷 计算机应用 Vo1．29 2009年 6月 JournalofComputerApplications June2009 文章编号 ：1001—9081(2009)S1—0387—03 基于局域网的生物信息学应用与开发平台的建立 马相如 一，王红梅 一，顾延生 ，葛继稳 (1．中国地质大学生物地质与环境地质教育部重点实验室，武汉 430074； 2．中国地质大学生态环境研究所，武汉 430074) (xr_ma@163．con) 摘 要：通过改写AceDB软件的部分源代码，扩展 了AeeDB数据库管理和图像显示的数据类型，并以自主开发的 程序和免费软件Blot、wEMBOSS和 AcePerl等建立了基于局域网的生物信息学应用与开发平台。初步建成的平台， 集成了丰富的核酸与蛋 白质序列分析工具及其他数据分析软件，与实验 室各种生物学数据库连接整合，可进行深入 的数据挖掘和知识发现。平台提供 了多种语言的开发环境，可完成生物信息学新算法、新模型、新工具的设计与开发， 开放的框架使平台具有 良好的可扩展性及向后的兼容性。 关键词 ：生物信息学；局域网；免费软件 ；整合 中图分类号：TP393 文献标志码 ：A Bioinformaticsplatform establishmentfbr applicationsanddevelopmentonintranet MA Xiang—ru一，WANG Hong—mei一，GU Yansheng。 GEJi—wen ， (1．KeyLaboratoryofBiogeologyandEnvirronnventalGeology,ChinaUniversityofGeoscience，WuhanHuboi430074，China 2．InstituteofEcoolgyandEnvironmentalScieces，ChinaUniversityofGeo~cien,ce$，WuhanHubei430074，China) Abstract：CombiningoursoftwarepackageDNASkewwithfreewaressuchasBlast，wEMBOSSandAeePerl，anintranet bioinformaticsplaftorm wasbuiltforapplicationsnaddevelopment．Thecampuswideplaftomr wascharacterizedbyabundant naalytictoolsofrnucleicacidna dprotein sequencesand itwouldbebaletolinkwithany typeofbiological datain the lba oratoryfordatamining．Th emulti—lnaguageplaftorm couldalsomeettheneedsofthedesign and developmentofnew algorithm，modelsandtools．Duetotheopeninfrastructureoftheplaftomr ，itwouldbebaletobeupdatedeasilyandoffers friendlycompatibilitywithfutureproduction． Keywords：bioinformatics；intranet；freeware；integration 生物信