模拟退火算法的一种改进与其在蛋白质结构预测中的应用.pdfVIP

　2002 年 9 月 系统工程理论与实践 第 9 期　 文章编号:(2002) 模拟退火算法的一种改进及其在蛋白质结构预测中的应用 靳利霞, 唐焕文 (大连理工大学管理科学与工程研究所, 辽宁 大连 116023) 摘要: 　根据蛋白质的氨基酸序列预测其空间结构可以归结为一个多维多极值的全局优化问题, 缺少一 种有效的全局优化方法是阻碍这一难题解决的一个关键 文章以联合残基优化模型为基础, 将蛋白质结 构预测作为一个连续变量的全局优化问题来处理 针对蛋白质结构预测模型的特点, 对模拟退火算法进 行了改进, 并将其应用于脑啡肽和牛胰岛素 ( ) 链的实例计算, 得到了较为合理的结果 B D 关键词: 　蛋白质结构预测; 连续函数; 全局优化; 模拟退火算法 中图分类号: 　 224; 399　　　　　　　　文献标识码: 　 　　　 O T P A A n Imp rovem en t of Sim u lated A nnealing A lgo rithm and Its A pp lication to P ro tein Structu re P rediction , J IN L i x ia TAN G H uan w en ( , , 116023, ) M anagem ent Science and Engineering Institute D alian U niversity of T echno logy D alian Ch ina Abstract: 　P redicting the structure of a p ro tein from its am ino acid sequence is a global op tim ization p roblem. L ack ing pow erful op tim ization m ethod is the key obstacle to th is p roblem. In th is paper , w e take the p rediction of p ro tein structure as a continuous variable op tim ization p roblem , advancing the sim ulated annealing algo rithm and app lying it to the structure p rediction of tw o p ro teins: M et ( ) . enkephalin and B D chain of Bovine despentapep tide insulin Key words: 　p ro tein structure p rediction; continuous function; global op tim ization; sim ulated anneal ing