基于图像特征与数学形态学的蛋白质组双向电泳分析法.pdfVIP

中国科学B辑化学2005．35(1)：44,-50 基于图像特征和数学形态学的蛋白质组 双向电泳分析法术 沈朋。范骁辉②曾真@程翼宇扩+ (①浙江大学医学院附属第～医院，杭卅『310003；②浙江大学药物信息学研究所，杭卅I310027) 摘要 针对复杂样品蛋白质组分析需求，提出一种用于双向电泳图像中蛋白质点自动识别新 方法．在根据电泳图像灰度值变化、蛋白质点大小等特征参数对蛋白质点进行预识别基础上，引 入形状特征作为区分蛋白质点和非蛋白斑点的判据，从而将图像锐化、边缘分析和形态特征识别 方法集成用于自动识别双向电泳图谱蛋白质点，可用于非蛋白斑点干扰较严重的凝胶图像处理 细胞、组织和血清样品蛋白质组双向电泳分析实验结果表明，文中方法优于现有电泳图像处理软 件算法，明显降低了蛋白质点的误识率． 关键词 蛋白质组分析双向电泳蛋白质点识别 生命分析化学形态学特征图像识别 蛋白质组学是当前生物化学及生命科学等研究 像处理软件．这些软件利用图像的灰度值变化、蛋白 领域的前沿，其技术基础是蛋白质组分析，包括投向 质点大小等特征，能够在摄胶图像的斑点干扰较小 电泳、图像处理、生物质谱和数据库技术等“_31其 情况下较准确地识别出蛋白质点，但当双向电泳凝 中，双向电泳图像处理和蛋白质点识别是蛋白质组 胶图像出现较严重斑点干扰时，误识率很高．为此， 分析的关键环节．如果不能从双向电泳凝胶上准确 本文研究用图像处理和数学形态学计算推断相融合 地识别出蛋白质点．就无法对这些蛋白质点进行分 的方法辨识双向电泳图像蛋白质点，提出将形状特 析鉴定．因此，研究电泳凝胶蛋白质点辨析方法，提 征作为区分蛋白质点与非蛋白斑点的判据，试图解 高其辨识灵敏度、准确率及智能化程度，对于推进蛋 决凝胶图像干扰斑点较严重时蛋白质点识别难题． 白质组学的发展具有重要技术意义 以组织、细胞和血清样品等双向电泳凝胶图像为例进 目前，许多国际著名公司竞相研发双向电泳图 行的实验对比结果证明，本文方法优于现有软什的 蛋白质点识别方法，对干扰斑点具有更强的辨别力， 像的蛋白质点识别方法，推出了PDQuest，Image— weaver等双向电泳图明显降低了蛋白质点误识率，可从斑点干扰严重的 Master,Progenesis和Proteome 2004一07．05收稿，200412．27收修改稿 ；困家自然科学基金重大研究训划(批准及浙江省科技计划(批准号：2004C33026)资助I贞目 cn ¨E edu mail：cbengyy@目u SCIENCEINCHINASer．B Chemistry 第1期 沈朋等：基于图像特征和数学形态学的蛋白质组双向电泳分析法 45 凝胶图像中准确地识别出蛋白质点． 显然，长轴AB与x轴的夹角0为 1原理及方法 1．1 干扰斑点的特征分析 屹。％ 0= f2、 通常，经等电聚焦和SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳 陪班 屹2％ 分离良好的蛋白质点是圆形或近似圆形的斑点，其 灰度分布与图像背景相比有较明显的差异．除此