凋亡蛋白亚细胞定位预测的新方法.pdfVIP

第29卷 第5期 重庆理工大学学报（自然科学） 2015年5 月 Vol.29 No.5 JournalofChongqingUniversityofTechnology（NaturalScience） May2015  doi：10.3969/j.issn.1674-8425（z）.2015.05.011 凋亡蛋白亚细胞定位预测的新方法 1a 1b 1b 1b 2 1b 爱华 杨 闫 刘 欢 褚威威 于晓庆 李 春 王 ， ， ， ， ， （1.渤海大学 a.大学基础教研部；b.数理学院，辽宁锦州 121013； 2.上海应用技术学院应用数学系，上海 201418） 摘 要：基于频率位置信息与频率本身相结合的思想，并结合氨基酸的分类模型、理化性质 和替换矩阵构造了蛋白质序列的特征向量；以最近邻方法作为分类器，利用ZW225和CL317 两 个经典数据集对该方法进行了检验，所得结果同其他亚细胞定位预测方法做了比较。结果表明 该方法是有效的。 关 键 词：凋亡蛋白；亚细胞定位；氨基酸；最近邻方法 中图分类号：O29；Q71 文献标识码：A 文章编号：1674-8425（2015）05- 61-05 NewmethodforPrediCtingSubCellularLoCationof APoPtosisProteins 1a 1b 1b WANGAi-hua ，YANGYan ，LIUHuan ， 1b 2 1b CHUWei-wei ，YUXiao-qing ，LIChun （1.a.TeachingandResearchInstituteofBasicCourses；b.SchoolofMathematicsandPhysics， BohaiUniversity，Jinzhou121013，China；2.DepartmentofAppliedMathematics， ShanghaiInstituteofTechnology，Shanghai201418，China） AbstraCt：Bymeansoftheideaofcombiningthepositioninformationwiththefrequencyitselfand takingintoaccounttheclassificationsoftheaminoacids，physicalchemicalpropertiesandtheamino acidsubstitutionmatrix，thefeaturevectorwasconstructedforaproteinsequence. Thenearestneigh- borclassifierwasusedasthepredictionengine. Weselectedtwowidelyuseddatasets （ZW225and CL317）toprovideacomprehensiveandunbiasedcomparisonwithpreviousstudiesofproteinsubcel- lularlocation. Theresultshowsthatour