亚细胞蛋白质组学.pdfVIP

维普资讯 《生命 的化学)2001年21卷4期 文章编号：1000—1336(2001)04m 61“ 亚 细 胞 蛋 白 质 组 学 用于研究特殊类型的胞膜蛋 白和其它细胞的 胞膜 。许多膜蛋白呈低丰度而不能在标准 胶上测出，特别表现在全 细胞提取物 的分析 曾 亮 曹 亚 (中南大学湘雅 医学 院肿瘤研究所 ．长沙410078 中，高丰度蛋 白质掩盖 了低丰度蛋 白质。膜 蛋 白常为碱性 ，而标准胶 主要分析酸性 以及 关键词 ：亚细胞；蛋 白质组学 弱碱性蛋 白质，所 以要求 IPG胶条有范 围更 中图分类号 ：Q24；。51 宽的pH梯度 。其 中去垢剂的溶蛋 白作用差 别较大。传统 的尿素-去垢剂混合物在提取 蛋 白质 组研究应 用 了分辨蛋 白分离技 膜蛋 白及在 IEF期间蛋 白溶解状态的维持中 木 、质谱法、生物信息学工具来鉴定生物体蛋 效果不佳。研究显示 ，新 的离液剂 (c}raotrope) 白质性质。但 由于高等真核细胞 的复杂性 ， 混合物和 ／或去垢剂能溶解完整膜蛋 白 对其全部蛋 白质组进行一步鉴定难于达到。 初次提取和溶解是膜蛋 白分析中的重要 为了分析细胞 的全蛋 白质组 ，目前提议 以亚 方面 ，SDS最常用于膜蛋 白溶解 ，因为其非极 细胞蛋 白质组作 为切人点 ，即建立细胞 的大 性尾可插于脂膜而结合高分子量蛋 白质 (1． 分子结构 ，如亚细胞 区室 、细胞器 、大分子结 4gSDS每克蛋 白质)；而极性头部为强阴离子 构和多蛋白复合物相应的蛋 白质组 ，其优点 性使 SDS一蛋 白质复合物呈高水溶性 。SDS仅 是减少全细胞分析 的复杂性 ，研究结果更具 用于初次溶解 ；在 IEF之前 ，则 由非离子性或 体 。本文将介绍在亚细胞蛋 白质组方 面的已 两性离子性表面活性物质替代 。这也受上样 开展研究的概况 。 量的影响 ，上样量大 (O．5～2mg)需溶解在最 1．细胞膜蛋 白质组学 小体积的 SDS中。此外 ，IEF期 间 的蛋 白质 在 SDS—PAGE分 析 中，由于膜蛋 白提取 沉淀使许多膜蛋 白丢失而影响其二维凝胶 电 量少和／或分辨率差而难 以显示，这首先涉及 泳 (2-DE)分析 。 膜蛋 白自身性质 ：如疏水性 ，它们主要溶于脂 质谱技术的发展也应用于膜蛋 白分析 ， 质双层而不溶 于水 ；脂质数量和性质干扰膜 如 Johmmes等 使用在线 I-IPLC 电喷雾离 蛋白在等电聚焦 (IEF)样本缓冲液中的溶解 。 子化质谱 (LC—MS)，分析不同来源和重组61kD 去脂可解决脂质干预 问题 ，而传统去垢剂去 的细菌膜蛋白，发现了2种转运体蛋 白、1种 脂效果好 ，但有机溶剂去脂可带来其 它问题 。 通道蛋 白、1种膜孔 蛋 白(分子量测定精确度 Veronique等研究模式植物拟南芥 的细胞膜 达 ±O．10％)，该技术可监测单个半胧氨酸残 (PM)，对 以上 问题进行 了方法学上的探索 ， 基的烷基化或氧化 以及推断的氨基酸序列 中 如蛋 白质溶解方法 中，应 根据样本 的脂质含 的错误 ，该方法可在不需预先纯化蛋 白质条 量决定所用蛋 白质溶解剂 ，应用统计学模型 件下识别可溶性大肠杆菌膜的未知蛋 白质 。 AMMIradditivemain effectswi血 multipicative 许多膜蛋 白功能不明且无相应的数据库