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拟南芥基因转录调控关系的计算方法研究.pdf
第15卷第1期 上海应用技术学院学报(自然科学版) V01.15NO.1
OFSHANGHAIINSTITUTEOFTECHNOLOGY(NATURALSCIENCE)
2015年3月 JOURNAL Mar.Z015
文章编号:1671—7333(2015)01—0091—04
拟南芥基因转录调控关系的计算方法研究
于晓庆
(I-海应用技术学院理学院,上海201418)
摘要:拟南芥是一种重要的模式植物,已被广泛应用于植物生物学研究.基于基因表达谱和序列
信息构建了预测拟南芥基因调控关系的数学模型.通过支持向量机和夹克刀的测试,结果表明该方
法在拟南芥基因调控关系的预测工作中有很好的表现.利用计算方法预测拟南芥基因转录调控关
系可为实验室研究提供一定理论依据.
关键词:拟南芥;调控关系;支持向量机;计算方法
中图分类号:O242.1 文献标志码:A
on Methodsfor the
StudyComputationalPredictingRegulatory
InteractionsBetween Factorsand
Transcription
Their in
TargetsArabidopsis
yU
Xiao—qing
(Schoolof Instituteof 201418,China)
Sciences,ShanghaiTechnology,Shanghai
model is usedinthe of
Abstract:Arabidopsis,animportantplant,whichwidely studyplantbiology.
Basedonthe andsome mathematicalmodelwas
information,a
geneexpressionprofile sequence-based
constructedto the interactionsin vectormachineand
predictregulatory Arabidopsis.Throughsupport
test,themethodwas tohavea methodcould some
Jackknife proved goodperformance.Thisprovide
for
theoreticalbasisthe ofthe interactionof
laboratorystudy regulatory Arabidopsis.
vector
words:Arabidopsis;regulatoryinteractions;supportmachines;computationalapproach
Key
生物体的发育过程由一系列复杂的
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