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拟南芥基因转录调控关系的计算方法研究.pdf

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拟南芥基因转录调控关系的计算方法研究.pdf

第15卷第1期 上海应用技术学院学报(自然科学版) V01.15NO.1 OFSHANGHAIINSTITUTEOFTECHNOLOGY(NATURALSCIENCE) 2015年3月 JOURNAL Mar.Z015 文章编号:1671—7333(2015)01—0091—04 拟南芥基因转录调控关系的计算方法研究 于晓庆 (I-海应用技术学院理学院,上海201418) 摘要:拟南芥是一种重要的模式植物,已被广泛应用于植物生物学研究.基于基因表达谱和序列 信息构建了预测拟南芥基因调控关系的数学模型.通过支持向量机和夹克刀的测试,结果表明该方 法在拟南芥基因调控关系的预测工作中有很好的表现.利用计算方法预测拟南芥基因转录调控关 系可为实验室研究提供一定理论依据. 关键词:拟南芥;调控关系;支持向量机;计算方法 中图分类号:O242.1 文献标志码:A on Methodsfor the StudyComputationalPredictingRegulatory InteractionsBetween Factorsand Transcription Their in TargetsArabidopsis yU Xiao—qing (Schoolof Instituteof 201418,China) Sciences,ShanghaiTechnology,Shanghai model is usedinthe of Abstract:Arabidopsis,animportantplant,whichwidely studyplantbiology. Basedonthe andsome mathematicalmodelwas information,a geneexpressionprofile sequence-based constructedto the interactionsin vectormachineand predictregulatory Arabidopsis.Throughsupport test,themethodwas tohavea methodcould some Jackknife proved goodperformance.Thisprovide for theoreticalbasisthe ofthe interactionof laboratorystudy regulatory Arabidopsis. vector words:Arabidopsis;regulatoryinteractions;supportmachines;computationalapproach Key 生物体的发育过程由一系列复杂的

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