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园艺学报2009，36(增刊)：2034 ActaHorticulturaeSinica 国际西瓜基因组计划最新研究进展 许 勇+，郭绍贵，张海英，任 毅，赵 泓，吕桂云，宫国义 (国家蔬菜工程技术研究中心，北京100097) 国家蔬菜工程技术研究中心联合中国农业科学院以及国际种苗公司于2008年启动了国际西瓜基 因组计划，开展西瓜全基因组测序，并在此基础E开展西瓜抗病机制和果实发育基因表达谱研究。 瓜材料97103的全基因组测序与90-4304的10倍覆盖度的重测序工作。目前已经获得了45．9Gb的西 量已达到5．1 768 Gb，测序深度达到11．9倍。序列经过拼接后，ContigN50的片段大小为39bp，数 577279 691 量为1 N50的片段大小为607 914条，Contig总长度为314bp；Scaffold bp，数黾为129条 503 279 Scaffold总长度为337 bp，已经覆盖了西瓜基因组近80％。与其他单纯以Solexa技术进行测序 和拼接的植物相比，西瓜基因组序列拼接结果已经达到最好的水平。西瓜材料97103的BAC克隆的 果进行验证。 对西瓜材料97103的4个发育阶段(授粉后10、18、26和34d)果实的RNA样品转录成eDNA 454 样品后，以RocheGS—FLX技术测序，目前已经获得了715059条EST序列，平均长度为250bp。 序列拼接后获得了88 020个unigene，经过功能注释和分析，发现这些基因基本覆盖了西瓜果实糖分、 色素和质地等重要品质构成成分的基因代谢途径。目前正在进行品质关键基因的差异表达分析及其 SSR标记的图谱定位，最终建立西瓜品质形成的基因表达谱和品质育种的高效标记辅助育种技术平 台。 以绿色荧光蛋白(GFP)基因为标记，检测西瓜枯萎病生理小种l在西瓜抗病材料和感病材料根 系组织中的侵染进程。以西瓜枯萎病生理小种1诱导的西瓜抗枯萎病材料P1296341．FR根系组织为材 Mi． 料，构建抑制消减杂交(SSH)文库，对差减获得的阳性克隆进行测序和功能分析，并用Agilent eroarray芯片杂交技术进行表达验证。结果表明，人工接种4d以后枯萎病菌在抗病材料和感病材料 h。 1、2、3、5、8和1ld)的根系组织SSH文库进行测序，获得了3895条EST序列，28．3％的序列与 防卫反应、信号传导和环境互作相关。AgilentMieroarray芯片杂交结果显示，位于病菌诱导的茉莉酸 生物合成途径中的3个基因的表达量和位于鞘糖脂代谢途径中的12个基因的表达量在处理材料和对 照材料中表现出显著的差异。利用西瓜全基因组序列、品质相关EST和抗病相关EST序列，已经开 发了2 交(FISH)技术确定了染色体与相应的连锁群的对应关系。 关键词：西瓜；基因组；测序 中图分类号：S651 文献标识码：A 文章编号：0513-353X(2009)S-2034-01 收稿日期：2009—10—10 ·E—mail．xuyong@IIa／CV．org