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Linux环境下的高性能分子模拟计算集群平台的构建.pdf
自动化与控制
Linux环境下的高性能分子模拟计算集群
平台的构建
杨潞霞 t 宁淑丽 付一政 z
(1．山西大学商务学院信息学院 ，太原 030031；2．中北大学材料科学与工程学院，太原 030051)
摘 要 ：在分子模拟计算 中，越来越依赖于高性能科学计算，单机 的计算能力 已经不能满足实际科研和生
产的需要。采用并行计算和计算机 网络技术构建高性能分子模拟科学计算集群 ，能够有效提高计算速度并降低
运算成本。本文探讨了利用普通 PC机 ，在 Linux操作系统环境下采用MPI并行技术，建立 了基于局域 网平 台
的分子模拟并行计算集群。这一技术对于解决较大规模科学和工程计算问题具有重要 的实用价值和经济价值 。
本文 同时在该平台上对等规、间规、无规三种不同聚丙烯的玻璃化转变温度进行 了分子动力学模拟，求得玻璃
化转变温度 ，其模拟结果与 实验值吻舍得较好 。
关键词 ：科学计算集群 并行运算 分子模拟
计算化学是对化学结构和化学反应 的数字仿真 ，它不 表 1 节点的硬件配置
是进行真实 的化学实验而是通过大规模数值计算来研究 计算节点 计算机名 CPU 内存 硬盘
化学现象的。采用计算化学方法不仅能对分子结构和性 Pl lntel(R)Xe0n(R)
node1 X3363 4G 120G
2 ．83GHz，2833MH
质进行预测 ，更重要 的是可得到通过实验手段无法获取 ，
的数据 ，从而对所研究问题有更完整和更深刻的认识 1【1。 P2 lntel(R)Xeon(R)
nod e2 X3363 4C 12OG
2 ．83GHz，2833MH
，
MaterialsStudio分子模拟软件是专门为材料科学领域研究
P3 Intel(R)Xeon(R)
node3 X3363 4C 12OG
2 ．83GHz，2833MH
者开发的一款可运行在 Pc上的模拟软件 。它采用先进的 ，
模拟计算思想和方法 ，模拟 的内容包括催化剂 、聚合物 、 P4 Intel(R)Xeon(R)
node4 X3363 4e I20G
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