杨树全基因组NBS类型抗病基因分析.pdfVIP

1 杨树全基因组 NBS 类型抗病基因分析 吴大强，蔡诚， 魏国， 项艳* 安徽农业大学林学与园林学院，合肥，230036 E-mail ：daqwu@126.com 摘要：本研究对杨树（Populus trichocarpa ）中含有核苷酸结合区（NBS ）结构的候选 抗病基因进行了全基因组的分析研究，包括NBS 类型基因总量的的确认、类型分析、物理 位置分布和系统发生学关系分析等。研究结果表明，在杨树全基因组中找到 381 个有NBS 结构的基因，按照N 端结构和亮氨酸富集区（LRRs ）结构的区别分为122 个非标准结构NBS 基因、259 个标准结构NBS 基因，其中标准类基因又分为 13 个小类,主要包括TNL 、CNL、 NL 、XNL 、TN 五大类型和其他一些小类。同时，研究发现 81.9%的NBS 基因分布在一定 的簇内，说明杨树基因组中抗病基因在进化过程中存在更多的复制现象。通过对基因组内标 准NBS 基因进行系统进化树分析，发现杨树抗病基因存在明显的多分枝，这与水稻和拟南 芥存在显著差异。 关键词：杨树；生物信息学；抗病基因；NBS ；系统进化树 中图分类号：Q785 引言： 病原物对植物的生存繁殖是一个大的威胁，植物与病原菌之间存在着共进化 （Arm race ） [1] 的关系。长期以来，植物发展了以下几种方式应付病原物。一方面是植物某些结构障碍和 化学成分具有阻碍病原物的功能, 前者如细胞壁的角质、蜡质、栓质、木质素及特殊的气孔 结构等, 后者如小分子抗病物质、影响病原菌细胞透性的蛋白质和核糖体失活蛋白等; 另一 方面是植物在受到病原菌侵染时，表现出抗病反应（HR 反应），可以对一定的病原物具有 [2] [3] “免疫”作用 。根据Flor 的“基因对基因”假说, 寄主植物的每一个抗性基因 (Resistance Gene , R 基因) , 在病原菌中就存在相应的无毒基因(avirulence gene , avr 基因) 。抗病基因可 以识别病原无毒基因，从而一系列防卫相关基因的表达，产生抗病性。阐明病原菌与寄主植 物之间的相互作用关系, 揭示植物抗病相关基因的结构、功能和作用机制,一直是植物病理学 及植物抗病育种研究中的热点问题[4] 。 抗病基因产生的抗性可以应对各种各样的病原体，这些病原体可以位于植物细胞内，也 可以位于细胞外，包括细菌、病毒、真菌、卵菌、甚至线虫和昆虫。尽管这些病原体及其致 病分子差别巨大，根据保守结构域的不同，大多数植物抗病基因编码的蛋白质可被归为 5 1基金资助:安徽省教育厅＂十五＂学科带头人基金项目，国家高技术研究发展计划(863 计划) （No.2006 AA10Z1B4 ）资助 *项艳为通讯作者 1 [5] 类 ，为 NBS-LRR (Nucleotide binding site plus leucine-rich repeat)类型、eLRR-TM 类型 (Extracellular leucine-rich repeat plus transmembrane receptor) 、eLRR-TM-pkinase 类型 (extracellular leucine-rich repeat transmembrane protein kinase)、PK(Protein Kinase) 类型和其它 类型。 大多数被识别抗病基因包含一个核苷酸结合位点（NBS ）和亮氨酸的