生物芯片图像样点的自动识别.pdfVIP

维普资讯 第33卷第3期 光电工程 Vo1．33，No．3 2006年 3月 Opto-ElectronicEngineering March，2006 文章编号：1003-501x(2oo6)O3一o095一O6 生物芯片图像样点的自动识别 胡翔宇L2，唐小萍 (1．中国科学院光电技术研究所，四川成都 610209； 2．中国科学院研究生院，北京 100039) 摘要：样点自动识别是生物芯片信息自动提取的关键。根据样点、噪声和背景特征的关系提出一 种新的自动识别方法。使用数学形态学和均值算子相结合的方法实现图像的滤波增强和背景亮度 的估计；通过对功率谱的分析实现图像的倾斜校正和样点中心的网格定位；利用样点边缘亮度与 均方差的特征实现样点中心和半径的校正。多幅生物芯片处理的实验证明该方法具有良好的抗噪 声能力和弱信号辨识能力，能快速、准确地实现样点自动识别． 关键词：生物芯片；图像处理；数学形态学；功率谱；边缘分析 中图分类号：TP391．4 文献标识码：A Automatic--identificationofspotsinbiochipimages HUXiang-yu ‘，TANGXiao-ping ‘ (1．InstituteofOpticsandElectronics，theChineseAcademyofSciences，Chengdu610209，China； 2．GraduateSchooloftheChineseAcademyofSciences，Beijing100039，Chn／a) Abstract：Automatic-·identificationofspotsisthekeyforautomatic-·extractinginformationfrom biochip images．Anew approachofrautomatic-identificationisproposedbasedontherelationsofspots，noises andbackgrounds．Morphologicalandmeanfilteringwasusedtofilterandenhanceimagesnadestimate intensityofbackground．Spectrum ofpowerwas usedtocorrecttiltingnadperform spotsgridding automatically．Consideringintensitynadstandarddeviationofedge，anew techniquetocorrectcenter andradiusWaSintroduced．Theapproachhasbeentestedinavarietyofbiochip images，andbener resistantperformanceofnoisesnadidentificationofweaksignalsarerealized．Itcanautomatic-identify spotsquicklyandaccurately． Keywords：Biochip；Imageprocessing；Mathematicalmoprhology；Spectrum ofpower；Edgeanalysis 引 言 生物芯片是近年来生命科学领域迅速发展起来的一项高新技术。生物芯片是在面积不大的基片上点阵 排列一系列可寻址的生物识别分子，这些分子在相同的条件下进行结合或反应。反应结果用同位素法、化 学荧光法、化学发光法或酶标法显示． 因为生物芯片是在微小的基片上集成了成千上万个样点，而每个样点都表达了一定的生物信息，所以 必须使用精密的扫描仪记录，通过分析软件才能够精确地提取微弱的生物信号。生物芯片信息处理的关键 是准确识别每个样点，在以样点为中心的