xplor使用方法.docVIP

XPLOR安装 1.下载xplor安装所需的三个文件xplor-nih-VERSION-IRIX64、xplor-nih-VERSION-Linux、xplor-nih-VERSION-db。 下载地址：/xplor-nih/download.cgi 需要代理，要先注册才可以下载。 2.将下载的三个包解压缩到任意目录下，如/opt,命令如下。注意VERSION要换成实际安装的版本号 cd /opt 　　　　　　　　进入到/opt目录下 tar -xzvf xplor-nih-VERSION-IRIX64_6.5.tar.gz 解压缩 tar –xzvf xplor-nih-VERSION-Linux_2.2_i686.tar.gz 解压缩 tar -xzvf xplor-nih-VERSION-db.tar.gz 解压缩 3.解压缩后使用以下命令配置 cd xplor-nih-VERSION 进入安装目录 ./configure 配置xplor ln -s /opt/xplor-nih-VERSION/bin/xplor /usr/local/bin/xplor 建立快捷方式 4使用以下命令进行检测是否安装成功 bin/testDist Xplor使用 基本操作 1.xplor的运行：在命令行中输入“xplor filename.inp”就会启动xplor运行文件“filename.inp”中的指令。输出信息默认显示于屏幕，可以使用“xplor filename.inp filename.out”将输出信息存于当前目录下的“filename.out”文件中。 2.注释：一般在文件开头使用remarks，文件中用！表示注释。Remarks主要是文件本身的说明如文件建立者，存放位置等： remarks file generate/generate.inp remarks Author: Axel T. Brunger ！则是一般性的注释，其后的内容也不会运行。 ｛｝括号内的内容也不会被运行。 3.文件的引用: @filename 或者 @@filename。但是在循环语句如for循环中必须用@@filename。 如调用蛋白质结构文件时使用： structure @generate.psf end（这里generate.psf在当前目录下） 其中structure @filename end 是调用结构文件的语句，类似的还有： parameter @TOPPAR:protein_rep.param end 调用氨基酸参数库 coor @rigid.pdb 调用模型 注意：调用pdb文件时没有”end”,因为pdb文件结尾已含有”END”。 4.文件的输出 Write 要输出的参数 output=文件名 end 例: write coordinates output=generate.pdb end 将坐标值输入到当前目录下的generate.pdb中 write structure output=generate.psf end 将结构输入到当前目录下的generate.psf中 5.变量定义及计算 命令：Evaluate （$parname=parvalue） 可以在程序中使用变量如： Evaluate （$parname=3） 则变量“parname”被付值为3。以后可以使用“$parname”来调用它，如: Evaluate （$a=$parname+3）,命令执行后$a=6; 6.环境参量的设置 命令： Set 环境变量=环境参量值end 其中xplor重要的环境变量有： Display:输出的信息显示位置，默认显示在屏幕上，等号后是要将输出信息保存到的文件名。 MESSage=OFF|NORMal|ALL 表示是否显示信息。OFF只显示重要输出信息，NORMal显示大部分信息,ALL显示所有信息. ECHO=ON|OFF 是否将输入的命令显示出来.默认ON 例: Set Display=out.txt End 将运行时的输出信息显示到本目录下的”out.txt”文件中. 7.循环\判断语句 if (判断语句) then XXX Elseif (判断语句) then