凋亡相关基因的整合分析及基因表达芯片的制备.pdfVIP

andMethods Techniques PI Ll,：裁辫脚枷 www．pibb．ac．cn 凋亡相关基因的整合分析及基因表达芯片的制备宰 黄茉莉，’孙道春。娄雅欣9 尹燕斌t’ 李川昀-’ 张勇t) 高歌1’王升启2’伯晓晨2)魏丽萍·’李松岗1)” (1ljE京大学生物信息中心，北京大学生命科学学院，北京大学蛋白质—亡程和植物基因工程国家重点实验室，北京100871 列E京放射医学研究所，北京100850；日中国医学科学院譬磊黧，细胞和分子生物实验室|匕京100021) 摘要利用IPI和GcnBank，收集了与凋亡相关的5333条基因序列，用一定的标准，整合筛选得到1384个凋亡相关的基 因．通过亚细胞定位、组织表达差异显著性分析、自然正义／反义RNA对预测、基凶簇在pathway上的定位、蛋白质，蛋白 质相互作用等方面的分析发现，一些基因只在一个组织里显著差异表达，一些基因存在自然正义／反义RNA对现象，一些 粒转染前后的HeLa样晶，通过该芯片的筛选，得到24个差异表达的基因．发现NAIFI过表达诱导的细胞凋亡．伴随了 据结果见hllp：l／gpcrome．ebi．plm．edu．en：2005／chip)． 关键词凋亡，生物信息，NAIFl，生物芯片 学科分类号QSI 随着人类基因组测序工作的完成，数据资源的 信号通路基因芯片、应激和毒性通路发现者基因芯 急剧膨胀，使得数据之问的交叉融合分析开始兴 起．各种致力于某一领域方向的数据整合分析正成 作了包含128个凋亡相关基因的OHS．012寡核苷 为研究的一个热点． 酸芯片和96个凋亡基因的HS．002寡核苷酸芯片； 细胞凋亡是细胞生命周期中的重要组成部分， 与胚胎发育Il】、组织发生【互3l、组织分化僻孤、组织修 片；上海生物芯片有限公司制作了含458个凋亡相 复【4l、内环境的稳定[4．51、细胞癌变问等过程有紧密 elontech，RD 的联系啊．2003年Kutbuddin等从domain入手， 物上程有限公司等都相继推出了凋亡芯片．目前， 作了凋亡蛋白的二级数据库(http：／／www． Scientific搜集了与凋我们将所搜集到的l384个凋亡相关的基因设计制 apoptosis-db．orgO口]．Thomson 作成40 亡相关的文献(http：／／www．esi—topics．eorr#apoptosisO，bp的寡核苷酸芯片，属于一张信息相对更 全面的芯片． ]I-IC对凋亡方面的文献作了分门别类工作 最近发现的NAIFl基因，在HeLa细胞中超表 (http：／／www．ihcworld．com／apoptosis．htm)．本文不仅 收集了较全的凋亡数据而且对这批数据进行了较系 达可以引起细胞凋亡唧，但其作用的分子机制尚无 统的分析说明． 报道．为此，我们应用自己设计制作的人类凋亡基 自从20世纪90年代中期芯片技术开始引起广 泛注意以来，有成千上万个点的表达谱芯片，也有 百来个点的功能分类基因芯片．就凋亡而言，目前 ’国家高技术研究发展计划(863)资助项目(2002AA23105I)． 至少已经有细胞凋亡和细胞周期基因芯片、DNA E-trail：l赡《唧cILodum 损伤信号通路基因芯片、细胞凋亡基因芯片、p53 收稿日期：2008．-04-16，接受日期：2008-06-30 万方数据