基于互信息的差异共表达致病基因挖掘方法.pdfVIP

第３９卷第１期 东南大学学报（自然科 学版 ） Ｖｏｌ３９ Ｎｏ１ 　 ２００９年１月 ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＳＯＵＴＨＥＡＳＴＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ） 　 Ｊａｎ．２００９ 　　　　　　 基于互信息的差异共表达致病基因挖掘方法 １ １ ２ １ ２ 张焕萍 　王惠南 　卢光明　 钟　元　 张志强 １ （南京航空航天大学生物医学工程系，南京２１００１６） ２ （南京军区南京总医院医学影像科，南京２１０００２） 摘要：为了挖掘基因表达数据中的差异共表达致病基因模块，提出了基于互信息和最大团相结 合的方法．互信息用于度量基因表达谱之间的相互关系，计算任意２条基因表达谱在２种不同样 本中的互信息值，得到２个互信息矩阵Ｍ 和Ｍ ，选定２个阈值Ｔ和Ｔ（Ｔ＞Ｔ）将矩阵Ｍ 和 １ ２ １ ２ １ ２ １ Ｍ 二值化，并通过Ｍ 和Ｍ 中元素的逻辑“与”运算得到图的邻接矩阵，从邻接矩阵挖掘出的 ２ １ ２ 最大团则为差异共表达致病基因模块．将该方法应用于Ｃｏｌｏｎ数据，选定Ｔ＝２２，Ｔ＝１０，得到 １ ２ ６个相互重叠的最大团，实验结果表明，该方法能有效挖掘出差异共表达致病基因模块． 关键词：互信息；最大团；差异共表达致病基因 中图分类号：Ｑ８１１４　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００１－０５０５（２００９）０１０１５１０５ Ｆｉｎｄｉｎｇｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙｃｏｅｘｐｒｅｓｓｅｄｄｉｓｅａｓｅｒｅｌａｔｅｄｇｅｎｅｓ ｂａｓｅｄｏｎｍｕｔｕａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ １ １ ２ １ ２ ＺｈａｎｇＨｕａｎｐｉｎｇ　 ＷａｎｇＨｕｉｎａｎ　 ＬｕＧｕａｎｇｍｉｎｇ　 ＺｈｏｎｇＹｕａｎ　 ＺｈａｎｇＺｈｉｑｉａｎｇ １ （ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＢｉｏｍｅｄｉｃａｌＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＮａｎｊｉｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＡｅｒｏｎａｕｔｉｃｓａｎｄＡｓｔｒｏｎａｕｔｉｃｓ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１００１６，Ｃｈｉｎａ） ２ （ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＭｅｄｉｃａｌＩｍａｇｉｎｇ，ＮａｎｊｉｎｇＧｅｎｅｒａｌＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＮａｎｊｉｎｇＭｉｌｉｔａｒｙＣｏｍｍａｎｄ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１０００２，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｍｕｔｕａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃｏｍｂｉｎｅｄｗｉｔｈｃｌｉｑｕｅａｎａｌｙｓｉｓｍｅｔｈｏｄｉｓｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｄｉｆｆｅｒ ｅｎｔｉａｌｌｙｃｏｅｘｐｒｅｓｓｅｄｄｉｓｅａｓｅｒｅｌａｔｅｄｇｅｎｅｓａｔｔｈｅｌｅｖｅｌｏｆｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｍｏｄｕｌｅｓｆｒｏｍｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ．Ｔｈｅｍｕｔｕａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｓｕｓｅｄｔｏｍｅａｓｕｒｅｔｈｅｃｏｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓｏｆｇｅｎｅｄａｔａ．Ｔｗｏ ｓｑｕａｒｅｓｙｍｍｅｔｒｉｃｍｕｔｕａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｍａｔｒｉｃｅｓＭ ａｎｄＭ ａｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｂｙｃａｌｃｕｌａｔｉｎｇｔｈｅｖａｌｕｅｓｏｆ １ ２ ｍｕｔｕａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ