预测蛋白质间相互作用的生物信息学方法.pdfVIP

维普资讯 生 物 技 术 通 讯 Ll ’ERS IN BIOTECHNOLOGY Vo1．15 No．1 Jan．2004 70 文章编号：l0o9—0002(2004)01—0070—03 综 述 预测蛋白质间相互作用的生物信息学方法 朱新宇 ，沈百荣 1．南通师范学院 生命科学与技术系，南通 226007；2．坦佩雷大学 医学技术研 究所，FIN一33014，芬兰 摘要 ：后基因组时代 的研 究模式 ，已从原来 的序列一结构一功能转 向基 因表达一系统动力学一生理功能。建立蛋 白质间相互作 用的完全 网络，即蛋 白质相互作用组(interactome)，将有助于从系统角度加深对细胞结构和功能的认识 ，并为新药靶点的发 现和药物设计提供理论基础 。一系列系统分析蛋 白质相互怍嗣的实验方法 已经建立 ，近年来，出现 了多种预测蛋白质相互 作用 的生物信息学方法，这些方法不仅是对传统实验方法90有价值 的补充，而且能够扩展实验方法 的预测范围；同时，在开 发这些方法的过程 中建立 了一些重要的分子进化和分子生物学概念。本文综述 了9种生物信息学方法 的原理 、方法评估、 存在 的问题 ，并分析 了这个领域的发展前景。 关键词 ：蛋 白质相互作用；功能注释；生物信息学 中图分类号：Q617 文献标识码：A Bioinformaticsmethodsfortheprediction ofprotein interactions ZHUXin-yu，ShenBai-yonf 1．DepartmentofLifeScienceandTechnology，NantongNormalCollege，Nantong 226007，China； 2．BioinformaticsGroup，InstituteofMedicalTechnoloyg，University ofTampere，FIN一33014，Finland Abstract：Theresearch paradigm in the post——genomicsera willchange from sequence——structure—_function togeneex— pression—system dynamics—cellphysioloyg ．Establishingprotein interaction networks，namely，”interactome”，willdeepen theunderstanding ofcellulra sturctureand function， and provide theoretic foundation for the durg targetdiscovery and noveldurg design． A setofexperimentaltechniqueshasbeen developed forthe systematicanalysisofprotein interactions． Recently years， many bioinfomr aticsmethodsforthe prediction ofprotein interactionswere developed， which notonlywerevaluable complementadty ofrtraditionalexperimentalmethodsbutcan extendprediction rangeof experimentalmethods， and in this process， some importantconcepts of