利用水稻基因组序列数据开发SSR标记的方法.pdfVIP

分子植物育种 ,2003 年 ,第 1 卷 ,第 2 期 ,第 273 —276 页 Molecular Plant Breeding ,2003 ,Vol1 ,No 2 ,273 —276 实验方法 EXP ER IM EN TAL TECHN IQU E 利用水稻基因组序列数据开发 SSR 标记的方法 1 2 1 朱宏波 　方宣钧 　杨仁崔 1 福建农林大学作物遗传育种研究所 , 福州 , 350002 2 海南省热带农业资源开发利用研究所 , 三亚 , 572025 通讯作者 , rcyang @pub5fzfj cn 摘要 水稻基因组序列中存在着丰富的简单重复序列 ( SSR) , 而已经开发利用的仅仅是一小部分 。本文提 出了通过搜索水稻基因组序列中的简单重复序列开发 SSR 标记的思路和方法 , 并介绍了应用本方法成功 地在 500kb 范围内, 获得 22 个 SSR 标记 , 其中 10 个在定位群体中扩增出多态带的 SSR 标记并将其定 位 , 本实例验证了利用水稻基因组序列数据开发 SSR 标记是十分有效的。 关键词 水稻基因组序列数据 , 简单重复序列 Developing SSR Marker s U sing Public Rice Genome Sequence Dat a 1 2 1 Zhu Hongbo Fang Xuanj un Yang Rencui 1 Fujian Agricultural and Forest ry Univer sit y , Fuzhou , 350002 2 Hainan Provincial Institute of Tropical Agricultural Resources , Sanya , 572025 Corresponding aut hor , rcyang @pub5fzfj cn AB STRAC T There are abundant SSRs in rice genome , a little p art of t hem has been developed and utilized This p aper has int roduced t he idea and met hod of how to devolop SSR marker s by searching simple sequence repeat s in rice genomes sequence dat a And also t he aut hor s int roduced t he case which successfully developped 22 SSR mark er s by searching t he sequence dat a from t he range of 500kb rice genome , 10 SSRs of t hem showed polymorp hic bands in t he mapping pop ulation and mapped in t he chromo some This case p roved t hat it is effective to develop SSR maker by using rice p ublic genome sequence dat a KE YWORD S Rice genomic sequence dat a , Simple sequence rep aet ( SSR) 分子植物育种 　　274 　 Molecular Plant Breeding 一步加快 。 1 前言 通常 , SSR 的获得主要通过两种途径 , 一种 是用 SSR 探针