基因组水平的基进化分析与水平转移基因的识别.pdf

基因组水平的基因进化分析与水平转移基因的识别 中文摘要 中文摘要 随着人类基因组计划的完成和后基因组时代的到来，生物序列数据呈指数级 增长，分析处理大批量数据，从中提取有价值的信息，成为生物信息研究中的首 要任务。本文利用生物信息学方法在基因组水平对B7．H3基因进行了鉴定，探索 B7．H3基因的进化过程；分析了杆状病毒基因组的遗传进化模式，并对其水平转 移基因进行了识别研究。 1．基因组水平上对B7．H3基因进行鉴定及系统发育分析 B7．H3基因一个免疫共刺激分子，属于B7蛋白家族，分子中含一个IgV和一 构域(2IgB7．H3)，而人的B7．H3基因中出现一个剪接变体，含有串联重复的 基因的进化过程，基于现有的基因组序列对B7．H3进行了基因组水平上的结构和 系统发育分析。17个哺乳动物的B7．H3基因被预测出有串联重复的4Ig结构域。 通过对这些4IgB7．H3基因的结构与进化分析，得出这些基因产生的原因是结构域 的复制。此外，2Ig和4Ig这两种结构亚型之间没有表现出功能的差异。这可能是 发生在4IgB7．H3中的结构域复制事件导致了功能上的冗余。 2．家蚕核型多角体病毒水平转移基因分析 为了探讨杆状病毒基因组的遗传进化模式，利用家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori 组的同源性搜索和系统进化分析，结果显示，BmNPV的几丁质酶基因、凋亡抑制 蛋白3基因和尿苷二磷酸葡萄糖转移酶基因为水平转移基因。这3个基因都来源 于其宿主昆虫。通过核苷酸组成、密码子偏好性、选择压力等基因特征分析，发 现BmNPV水平转移基因与其基因组序列存在明显差异，进一步验证水平转移基 因的外源性。对3个水平转移基因的功能分析发现它们有利于杆状病毒在宿主昆 虫中的侵染与繁殖，并提高杆状病毒在昆虫中的生存能力。 关键词：B7．H3，杆状病毒，外显子复制，系统发育分析，水平转移基因 作 者：段海蓉 指导教师：贡成良、黄荣莉 Genome-·wideofGeneEvolutionand Analysis IdentificationofHorizontalGeneTransfer Abstract dataare witllthe Currently,availablebiologicsequence increasingexponentially ofhuman the ofthe era．It project(HGP)andcomingpostgenome completiongenomic becomesa taskinthe ofbioinformaticsto dataset veryimportant study analyzehuge thevaluable this oftwo andobtain information．In describedthe study,we application bioinformatics． differentlevelsmethodsof by identificationand ofB7-H3 1．Genome-wide evolutionaryanalysis B7-H