一种面向芯片合成技术的寡核苷酸设计方法.pdfVIP

第３４卷　 第５期 北京生物医学工程 Ｖｏｌ３４　 Ｎｏ５ ２０１５年　 １０月 Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｏｃｔｏｂｅｒ　 ２０１５ 一种面向芯片合成技术的寡核苷酸设计方法 吴世军　 郑浩然 摘　 要　 目的研发适用于芯片合成技术的寡核苷酸设计方法。 方法 面对芯片合成技术的需求， 提出新方法，对需要处理的核苷酸序列，通过交叉匹配及酶切位点消除算法对序列中的交叉匹配片段及 酶切位点进行密码子替换，尽可能减少交叉匹配及酶切位点序列的出现，对处理后的序列采用近似Ｔｍ 值优化方法进行切割。 结果 比对相同序列在该方法和Ｔｍｐｒｉｍｅ两种方法中的结果，从寡核苷酸长度、 Ｔｍ值范围、错配片段数等因素进行比较，验证了新方法在处理交叉匹配上有很好的效果。 结论 该方法 符合适用于芯片合成技术的寡核苷酸设计的需求，大大减少了交叉匹配及酶切位点的出现情况，为芯片 合成技术的寡核苷酸设计提供了一种有效方法。 关键词　 芯片合成技术；寡核苷酸设计；交叉匹配；酶切位点 － ＤＯＩ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ． １００２０５．１１． － － － 中图分类号　 Ｒ３１８；Ｑ５２　 　 文献标志码　 Ａ　 　 文章编号　 １００２ ３２０８（２０１５）０５ ０４９５ ０４ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｅｓｉｇｎ ｆｏｒ ｂｉｏｃｈｉｐ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＷＵ Ｓｈｉｊｕｎ，ＺＨＥＮＧ Ｈａｏｒａｎ Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｃｈｉｎａ，Ｈｅｆｅｉ　 ２３００２７ 【Ａｂｓｔｒａｃｔ】　 Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ Ｔｏ ｄｅｖｅｌｏｐ ａ ｎｅｗ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｄｅｓｉｇｎｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ ｂｉｏｃｈｉｐ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｆａｃｉｎｇ ｔｈｅ ｎｅｅｄｓ ｏｆ ｂｉｏｃｈｉｐ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｗｅ ｕｓｅ ｍｉｓｍａｔｃｈ ａｎｄ ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎｓ’ ｒｅｖｉｓｉｏｎ ａｌｇｏｒｉｔｈｍｔｏｄｏｗｉｔｈｆｒａｇｍｅｎｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｔｏｒｅｄｕｃｅｔｈｅｍｉｓｍａｔｃｈｅｓａｎｄｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓｗｉｔｈ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ，ａｎｄ ｔｈｅｎ ｃｕｔ ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎｔｏ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ａ ｍｅｔｈｏｄ ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅ ｔｏ Ｅｑｕｉ⁃Ｔｍ ｍｅｔｈｏｄ Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｔｈｅ ｌｅｎｇｔｈｓ， Ｔｍ ｒａｎｇｅ， ｍｉｓｍａｔｃｈｅｓ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｒｅ ｃｏｍｐａｒｅｄ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｉｓ ｍｅｔｈｏｄ ａｎｄ ＴｍＰｒｉｍｅ Ｔｈｅ ｎｅｗ ｍｅｔｈｏｄ ｄｏｅｓ ｗｅｌｌ ｉｎ ａｖｏｉｄｉｎｇ ｍｉｓｍａｔｃｈｅｓ Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎｓ Ｔｈｉｓ ｍｅｔｈｏｄ ｓａｔｉｓｆｉｅｓ ｔｈｅ ｎｅｅｄ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｅｓｉｇｎ ｆｏｒ ｂｉｏｃｈｉｐ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ａｖｏｉｄｓ ｍｉｓｍａｔｃｈｅｓ ａｎｄ ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ ａｓ ｍｕｃｈ ａｓ ｐｏｓｓｉｂｌｅ 【Ｋｅｙｗｏｒｄｓ】　 ｂｉｏｃｈｉｐ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｔｈｅｃｏｎｏｌｏｇｙ；ｄｅｓｉｇｎ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ；ｍｉｓｍａｔｃｈ；ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｓｉｔｅ