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水稻籽粒性状的SSR关联分析
水稻籽粒性状的SSR关联分析
陈氏秋江１,２ 党小景１ 刘强明１ 赵凯铭１,３ 王卉１ 洪德林１,
(１南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏南京２１００９５;２越南顺华大学顺华农林业大学农学院,越南顺华;３江
苏省泰州市红旗种业有限公司,江苏泰州２２５３１１;通讯联系人,EＧmail:delinhong＠njau．edu．cn)
AssociationAnalysisofRiceGrainTraitswithSSRMarkers
TRANThiThuGiang１,２,DANGXiaoＧjing１,LIUQiangＧming１,ZHAOKaiＧming１,３,WANGHui１,
HONGDeＧlin１,
(１StateKeyLaboratoryofCropGeneticsandGermplasmEnhancement,NanjingAgriculturalUniversity,Nanjing２１００９５,China;
２CollegeofAgronomy,HueUniversityofAgricultureandForestry,HueUniversity,１０２PhungHungStreet,HueCity,
Vietnam;３JiangsuHongqiSeedCompanyLtd,Taizhou２２５３１１,China;Correspondingauthor,EＧmail:delinhong＠njau．edu．
cn)
TRANThiThuGiang,DANGXiaojing,LIUQiangming,etal．AssociationanalysisofricegraintraitswithSSR
markers．ChinJRiceSci,２０１４,２８(３):２４３Ｇ２５７．
Abstract:Thegeneticdiversity,populationstructureandlinkagedisequilibriumof５４０ricevarietiesfromdifferent
ecologicalregionswereassessedwith２６２pairsofsimplesequencerepeat(SSR)markers．Thegenerallinearmodel
methodinsoftwareofTASSELwasusedtoanalyzetheassociationbetweenSSRmarkersandfourgraintraits．The
mainresultswereasfollows:１)thepopulationwasclassifiedintosevensubpopulations,withlinkagedisequilibriumat
certainextentbetweenSSRmarkerlocieitherintraＧchromosomeorinterＧchromosomewithineachsubpopulation．
２)Among４５grainlengthＧassociatedSSRmarkerlocidetectedinallthreeyears,RM５８４９hadthehighestcontribution
rate(５２?８６％),RM３７６６Ｇ１４０hadthehighestpositivephenotypiceffect,theircarriervarietywasNongxiang２５．
Among７grainwidthＧassociatedSSRmarkerloci,RM１７hadthehighestcontributionrate(６３．６１％),RM１７Ｇ１４５and
RM５７３Ｇ２３５hadthehighestpositivephenotypiceffect,thecarriervarietieswereNingjinghui３３８and
Zaoshirihuangdao,respectively．Among１１grainthicknessＧassociatedSSRmarkerloci,RM２７６hadthehighest
contributionrate(２５．４４％),RM５０８Ｇ２１５andRM７２８８Ｇ２０５hadthehighestpositivephenotypiceffect,carriervarieties
werebothHongmangshajing．Amongsix１０００ＧgrainweightＧassociatedSSRmarkerloci,RM１７hadthehighest
contributionrate(３２．１７％),RM１７Ｇ１４５hadthehighestpositivephenotypiceffect,the
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