不同地区传统乳品中乳明串珠菌的多位点序列分型研究.pdfVIP

摘 要 本研究以 50 株分离自不同少数民族地区传统乳制品中的乳明串珠菌（蒙古国 13 株、四川 19 株、甘肃 10 株、青海 6 株、内蒙古 2 株）为研究对象，采用多位点 序列分型 （Multilocus sequence typing ，MLST ）方法，通过对其持家基因（pyr G 、 rpoB 、groEL 、recA 、uvrC 、carB 、murC 、phe S ）的序列测试，完成了乳明串珠菌 的多态性分析和遗传进化研究。 采用双端测序的方法获得高质量目的基因序列，将其拼接、比对后获得菌株不 同的序列型 （Sequence type，ST ），并采用生物信息学方法对等位基因的序列型和联 合序列的遗传多态性进行分析，结果表明： （1）50 株试验菌株共分为 20 个 ST 型，其中数量最多的 ST 型为 ST- 14 （21 株），主要分离自蒙古国和四川。8 个持家基因的多态性位点数在 3 - 9 之间，G+C% 含量在 43.12% - 48.31% ，d /d 值 0.000 - 0.0349 ，说明持家基因受到外界选择压力 N S 的影响较小，具有很好的连锁不平衡性（SIA 为 0.6246 ）。 （2 ）采用 eBURST 分析，形成 8 个序列型组，其中有 6 个 ST 型为独特型，2 个克隆复合体 CC14 和 CC1 。CC14 是以 ST- 14 为中心的克隆复合体（占总分离株的 42% ），即以四川和蒙古国地区分离得到的菌株亲缘关系较近；CC1 是以 ST-1 为中 心的克隆复合体，即甘肃地区的菌株是可能的 CC1 祖先菌。 （3 ）依据 ST 型构建最小生成树，发现分离自同一地区的菌株间系统发育关系 最近，表明菌株的遗传关系与分离地区相关；菌株间的系统进化关系与不同乳源无 明显对应关系，但是来自于泡菜中的菌株与传统乳制品的菌株间亲缘关系最远。 （4 ）通过 UPGMA 遗传聚类分析发现，来自蒙古国和四川地区的菌株，它们 聚集为一亚群，遗传距离小，说明分离自蒙古国和四川地区传统乳制品中乳明串珠 菌的群体分化时间较短。乳明串珠菌在不同地区传统乳制品的制作过程中，基因组 在不断发生变化，但也有些保守基因的变异被保存下来，形成自己独特的基因型特 征。 关键词：传统乳制品；乳明串珠菌；多位点序列分型 Multilocus Sequence Typing of Leuconostoc Lactis from Traditional Dairy Products in Different Regions Abstract 50 Leuconostoc lactis were isolated from traditional home-made dairy products collected in Mongolia ( 13 strains), Sichuan ( 19 strains), Gansu ( 10 strains), Qinghai (6 strains), Inner Mongolia (2 strains). All Leuconostoc lactis were characterized by multilocus sequence typing (MLST) to analysis the nucleotide sequence of housekeeping genes (pyr G 、rpoB 、groEL 、recA 、uvrC、carB 、murC、phe S). Then studied the genetic polymorphism and evolutionary relationship of Leuconostoc lactis. The sequences of 8 housekeeping genes were acquired by Bidirectional sequencing technology, the forward and reverse sequences were trimmed