茶树genom survey信息的gSSR分子标记开发及其初步应用.pdfVIP

万方数据 摘要 SSR (SimpleSequence Repeats)标记是以1-6个碱基为基本单元的串联重复序列 的新型DNA指纹标记。SSR标记具有共显性、多态性好、重复性好、稳定可靠等特点， 具有其他分子标记无可比拟的优越性。近年来，有关茶树的SSR分子标记的报道也有 很多，但主要是基于 EST序列而开发的EST-SSR，与基因组SSR (gSSR)相比，其主 要不足是多态性较低，在遗传图谱构建时，难以均匀地覆盖整个基因组。因此，急需 加大茶树gSSR分子标记的发掘与应用。本研究以铁观音品种全基因组调查（genome survey）获得的DNA序列信息为基础，进行gSSR及其侧翼序列预测；建立了基于4300 DNA遗传分析系统进行SSR标记开发的方法，并利用该方法对来自安徽的部分品系 （种）进行遗传多样性分析，检测了部分gSSR在杂交和回交1代中的遗传分布。所取 得的主要结果如下： 1 genomesurvey 45310 （） 依据铁观音茶树品种 测序结果，经生物信息预测获得 个 SSR 75.29% AT ，其中，二核苷酸重复最多占 ，最多的碱基重复是 ；其次为占 17.55%的三核苷酸重复，最多的碱基重复是TTA。 2 L9 34 （） 应用单因素试验和 （ ）正交设计试验对主要参数进行优化，建立了基于 4300DNA遗传分析系统的SSR-PCR反应体系。同时，证明了可以以自行配 制的聚丙烯酰胺凝胶溶液 （acry:bis为29：1，浓度为6.5%）替代该系统指定用 胶。 3 gSSR 99 SSR-PCR 63 18 （） 从预测的 中挑选 条序列进行 ，其中有 条扩增成功。利用 个安徽地方茶树品系（种）、4个国家级品种和1个日本数苝种，对22个gSSR 95 158 进行多态性分析。结果共检测出 个等位位点和 种基因型；每对引物可检 2-6 2-12 测到的等位位点数和基因型数分别为 个和 种；平均等位位点数、平均 基因型数和PIC值分别为4.1、6.9与0.53；这些结果提示所检测的SSR具有丰 23 富的位点多态性。同时， 我们分析了 个茶树品种的遗传多样性。结果得到 Ho 0.05-0.87 0.45 He 0.13-0.77 观测杂合度（ ）为 ，平均为 ；期望杂合度（ ）为 ， 平均为0.6；Nei指数(H)的范围在0.13-0.75之间变动，平均值为0.58；Shannon I 0.25-1.49 1.1 0.55-0.78 信息指数 （）在 内，其平均值为 ；遗传相似系数在 之间。 结果表明所检测的茶树样品在DNA