中国家鸡和红色鸡遗传多样性及亲缘关系分析.pdf

中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析 研究生： 包文斌 导师： 陈国宏教授 专业：动物遗传育种与繁殖 (扬州大学动物科学与技术学院，扬州225009) 中文摘要 本试验使用多重PCR结合全自动电泳技术，利用29对国际通用的微卫星引物 对仙居鸡、茶花鸡、鹿苑鸡、白耳鸡、藏鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、 泰和乌骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡等14个中国家鸡品种 以及红色原鸡Gallus gallusspadiceus亚种和Gallusgallusgallus亚种的570个个体 进行扫描，讨论样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标 的影响以及近缘物种间微卫星引物的适用性，同时对中国家鸡和红色原鸡的256个 的遗传结构和遗传关系，分析群体问和群体内的遗传变异，探讨中国家鸡和红色原 鸡的亲缘关系。主要研究结果如下： 1．利用29对微卫星标记对16个群体内和群体问的遗传多样性进行分析，共检 l， O．01)；中国家鸡和红色原鸡16个群体间存在着极显著的遗传分化。群体间的 苑鸡)。 2．利用29对微卫星标记对16个群体的亲缘关系进行分析，NJ系统发生树及 国红色原鸡、中国红色原鸡、茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡、白耳鸡和泰和乌骨 鸡)和重体型的鸡种(包括8个群体：皖南三黄鸡、淮南麻黄鸡、大骨鸡、河南斗 鸡、狼山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两大类。藏鸡、皖南三黄鸡和淮南麻黄 鸡遗传基础非常复杂，鹿苑鸡和萧山鸡彼此之间遗传基础十分类似。茶花鸡和藏鸡 与中国红色原鸡存在着较近的亲缘关系，与泰国红色原鸡亲缘关系相对较远。中国 家鸡和红色原鸡两个亚种的亲缘关系从近到远的排序是：进化型品种一原始型品种 (茶花鸡与藏鸡)一中国红色原鸡(Gallusgallus (Gallus gallusgallus亚种)。 距离的关联性，对于特定的群体而言，微卫星DNA和mtDNA遗传距离与地理距 离表现出相当程度的关联性，但15个鸡种间遗传距离和地理距离回归公式： 传距离与地理距离之间的显著联系提供足够的证据。线粒体D．100p序列的差异与群 体间的地理分布也没有相关。中国地方鸡种的形成过程中，各自的地理分布可能并 不是影响其群体遗传结构的决定因素。 4．以实际测定的29个微卫星座位的基因频率为基础，分析样本量、性别和微 卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响。结果表明：当样本量超过 20后，期望杂合度值趋于稳定，样本量以20．25较为适宜，样本量与期望杂合度无 显著相关，而与平均等位基因数呈正相关：微卫星位点多态性的高低直接影响到检 测所需的样本量，在使用平均等位基因数分析群体遗传多样性时，应该充分考虑样 本量对检测结果的影响；期望杂合度受样本量变动的影响较小，可作为度量群体遗 传多样性的一个最适参数；在微卫星分析中性别对群体遗传多样性指标不表现出显 著影响：随着微卫星数目的增多．遗传距离估测精确度精度也随着升高。 5．对近缘物种间微卫星引物的适用性进行尝试，利用29对鸡微卫星标记对孔 II 雀基因组DNA进行种间扩增，发现14对引物能扩增出特异性条带，每对引物扩增 MCW0098最为理想。蓝孔雀和绿孔雀群体间和群体内的遗传分析结果表明，绿孔 群体的杂合度和遗传多样性水平都很低，且有相互混杂的趋势。 6．对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D—loop序列进行系统分析， 的7．86％，没有观测到插入／缺失，颠换和转换之比为0．13：共具有32种单倍型， 9种为共享单倍型，其它23个单倍型均为各群体所特有；16个群体内单倍型多样 样度最低，淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡的核苷酸多样度较高，红色原鸡两个亚种和14 和核苷酸净遗传距离差异均较大。红色原鸡2个亚种和14个中国地方鸡种间kimura 双参数距离变异范围为0．007～0．031。mtDNA