ACLSV山东苹果分离物基因重组及CP序列多样性分析.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(14):2857-2867 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.14.017 ACLSV山东苹果分离物基因重组及 CP 序列多样性分析 1 1 1 1 2 1,2 李 科 ，时洪伟 ，荆陈沉 ，孙现超 ，周常勇 ，青 玲 1 2 （西南大学植物保护学院/植物病害生物学重庆市高校级重点实验室，重庆 400716 ； 中国农业科学院柑桔研究所，重庆 400712 ） 摘要：【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒（ Apple chlorotic leaf spot virus ，ACLSV ）山东苹果分离物 全基因组的分子特征、潜在重组事件及 CP 基因的多样性。【方法】采用 RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得 ACLSV 全基因组序列，对其进行分子特征描述，并与已报道的 16 条全长基因组或近全长基因组序列进行比 较和系统发育分析，同时扩增其 CP 进行多样性分析。【结果】扩增得到 ACLSV 山东苹果分离物 QD-13 全基因 组序列（GenBank 登录号 KJ522693），QD-13 全长 7 557 nt，包含 3 个 ORF。构建进化树分析表明，QD-13 与日本苹果分离物 B6 聚为一簇，二者相似性最高，为 85.9%。17 条 ACLSV 分离物基因组分段比较表明，5′ 端和 3′端差异较大；ORF3 保守性相对较高，除分离物 Ta Tao 5 和 MS 外，其推导的氨基酸序列相似性均在 91.2%以上。ORF1 编码区 527—665 aa 区域保守性差，所比较的 17 条序列在该区域的相似性为 15.4%—59.7%。 基因组重组分析以 P ≤0.05为标准，3 种以上算法同时检测到则为有意义重组事件，结果显示，QD-13 存在 3 个重组事件，它们分别发生在 6 507—6 247、6 397-6 497 和 3 851—4 760 nt。扩增 QD-15、QD-20 和 YT-24 分离物 ACLSV 的 CP，共获得 22 条序列，可分为 3 种类型。对 CP 氨基酸序列进行比对分析表明，3 种 类型为不同氨基酸保守位点的组合，分别是 Met60 73 79 82 97 98 59 83 193 40 -Ser -Ser -Asp -Asn -Gly 、Leu -Met -Ile 和 Ala - Leu60 72 75 86 88 130 137 184 -Ala -Phe -Ile -Arg -Ser -Gly -Met 。【结论】报道了中国ACLSV 苹果分离物的完整基因组序列； 明确了其基因组分子特点并发现了 3 个主要的潜在重组事件；ACLSV 山东苹果分离物 CP 存在 3 种序列类型， 具有丰富的多样性。 关键词：苹果褪绿叶斑病毒；基因组；外壳蛋白；多样性；重组分析 Analysis of Genome Recombination and CP Sequence Diversity of ACLSV Apple Isolate from Shandong 1 1 1