NaCl和Na2CO3对不同棉花基因组的DNA甲基化影响.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(16):3132-3142 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.16.002 NaCl 和Na CO 对不同棉花基因组的DNA 甲基化影响 2 3 陆许可，王德龙，阴祖军，王俊娟，樊伟丽，王 帅，赵小洁，张天豹，叶武威 （中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室/农业部棉花遗传改良重点开放实验室，河南安阳 455000 ） 摘要：【目的】探究不同盐胁迫后的棉花基因组DNA 甲基化变化情况，并比较分析叶片和根部DNA 甲基化变 化差异，进而探究DNA 甲基化与棉花耐盐性之间的关系。【方法】以陆地棉耐盐品种中9806 和盐敏感品种中S9612 为试验材料，分别用NaCl 和Na CO （浓度均为0.4% ）处理。提取对照和处理材料的DNA，进行双酶切、连接、预 2 3 扩增和选择性扩增，然后采用MSAP 技术（甲基化敏感扩增多态性）分析棉花幼苗在盐胁迫前后的DNA 甲基化情况。 从聚丙烯酰胺凝胶中回收纯化多态性片段并进行测序，通过NCBI 进行比对分析；设计引物，用实时荧光定量PCR 对多态性片段在棉花幼苗中的表达量进行验证。【结果】盐胁迫分析表明不同类型盐胁迫对棉花幼苗的影响不同； 0.4%的中性盐NaCl 对棉花幼苗的影响相对较小，各部分组织的形态变化不明显，而0.4%的碱性盐Na CO 对棉花幼 2 3 苗的影响较大，使棉花幼苗子叶变软，茎基部和根部发黑；MSAP 分析结果表明，NaCl 胁迫后中 9806 和中 S9612 叶片的甲基化比率分别为23.5%和27.7%，其中，全甲基化比率分别为20.3%和22.9%，根部的甲基化比率分别为 24.7%和27.1%，其中，全甲基化比率分别为19.6%和21.6%；Na CO 胁迫后中 9806 和中S9612 叶片的甲基化比率 2 3 分别为28.9%和28.1%，其中，全甲基化比率分别为24.3%和24.5，根部的甲基化比率分别为25.7%和27.6%，其 中，全甲基化比率分别为21.5%和24.0%。叶片和根部甲基化水平存在差异，随着盐类型由中性盐向碱性盐转变的 过程中，基因组DNA 甲基化水平迅速增加，并在Na CO 处达到最大值。通过分析胁迫以后的甲基化状态，在NaCl 2 3 和Na CO 胁迫后，中 9806 叶片的甲基化条带所占多态性条带比率分别为40.00%和 50.00%，去甲基化条带所占多 2 3 态性条带比率分别为54.12%和46.67%，中9806 根部的甲基化条带所占多态性条带比率分别为 35.53%和43.59%， 去甲基化条带所占多态性条带比率分别为56.58%和51.28%。而中S9612 叶片和根部中的甲基化条带比率和去甲基 化条带比率的变化不明显。对多态性片段回收共获得6 条序列，这 6 条序列涉及不同的同源基因，在基因编码 区和非编码区均有分布，参与不同的代谢反应。qRT-PCR 分析结果表明，6 个同源基因在对照和处理之间的表达 差异显著。【结论】耐盐性不同的棉花品种对盐胁迫反应不同，耐盐品种中9806 在中性盐NaCl 胁迫后基因组甲 基化水平降低，诱导相关耐盐基因表达来抵抗胁迫而盐敏感品种中 S9612 则缺乏相应的耐盐基因使植株受到伤 害增加，在 Na CO 处理以后受到伤害最大，对照与处理间甲基化水平差异显著，叶片和根部甲基化水平存在差 2 3 异，具有组织特异性；多态性片段比