基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA及其靶基因分析.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(10): 1894-1903 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.10.003 基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA 及其靶基因分析 1,2 3 1 1 1 1 1,2 1,2 1,2 1 李 凌 ，张 磊 ，晁江涛 ，龚达平 ，李凤霞 ，王 倩 ，丁安明 ，陈雅琼 ，孙亭亭 ，孙玉合 1 2 （中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室, 山东青岛 266101 ； 中国农业科学院研究生院, 北京 100081； 3 华中农业大学园艺林学学院，武汉 430070 ） 摘要：【目的】填补绒毛状烟草（Nicotiana tomentosiformis ）和林烟草（Nicotiana sylvestris ）在miRNA 相关领域的研究空白，揭示普通烟草（Nicotiana tabacum ）的生长发育调控机理。【方法】在绒毛状烟草和林烟 草全基因组中预测并分析miRNA 及其靶基因，通过同源比对及miRNA 前体二级结构特征进行预测：参考序列在绒 毛状烟草和林烟草基因组的比对中，允许最多1—2 个错配；miRNA 二级结构为经典茎环结构，其中MEF 最大值为 -25，MEFI 最小值为0.85，预测的miRNA 与已知的同一家族的miRNA 位于发夹结构的同一条臂上；去除E 值小于 等于1e-6 的编码蛋白的序列。【结果】在绒毛状烟草中得到 39 个家族的162 条miRNA，包括14 对正/反义miRNA 和5 个基因簇。在林烟草中得到40 个家族的169 条miRNA，包括13 对正/反义miRNA 和3 个基因簇。2 个野生烟 草在保守度高的miRNA 家族中，其成员分布相似，且成员数相近。在保守度相对较低的家族中，2 个野生烟草其 成员分布差异较为明显，其中，miR5021、miR5203 等 9 个家族仅在绒毛状烟草中有成员，miR1446、miR1509 等 10 个家族仅在林烟草中有成员。2 种野生烟草的正义miRNA 与反义miRNA 都有着 1—4 个碱基差异，这些差异位点 在不同的家族中呈现出偏好性，而且在2 种野生烟草中偏好性相似：miR164 家族的9、12、13 个碱基处，miR172 家族的 1、21 个碱基处，miR396 家族的2、17 个碱基处，miR399 家族的15、20 个碱基处。2 种野生烟草的基因 簇主要是由miR156、miR169 家族组成，其前体的间距小于350 nt，同时在绒毛状烟草中首次发现miR6019/miR6020 基因簇。以普通烟草的unigene 数据库作为靶基因集进行预测与分析，在绒毛状烟草122 条miRNA 中得到749 个 靶基因，去掉重复基因得到非冗余靶基因206 条，其中89 条（43% ）得到GO 功能注释；在林烟草中117 条miRNA 得到650 个靶基因，去掉重复基因得到非冗余靶基因169 条，其中78 条（46% ）得到GO 功能注释。在分子功能方 面，大多数靶基因具有结合等活性。在生物学过程中，靶基因主要参与了发育过程、生殖过程、多细胞器官发育 过程、胁迫应答过程等。【结论】控制发育和多细胞器官发育过程的靶基因数方面以林烟草居多，而胁迫应答的靶 基因数以绒毛状烟草较多。 关键词：绒毛状烟草；林烟草；miRNA；生物信息学；基因组 The Genome-Wide Analysis of MicroRNAs and Their Target Genes in Nicotiana tomentosiformis and Nicotiana sylvestris 1,2 3