植物基因组上游开放阅读框的挖掘方法及其翻译调控.pdfVIP

中国农业科学 2013,46(16):3314-3323 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2013.16.002 植物基因组上游开放阅读框的挖掘方法及其翻译调控 王庭璋，胡望雄，徐建红，薛庆中 （浙江大学农业与生物技术学院，杭州310058 ） 摘要：基因组中约有20％的基因具有上游开放阅读框（upstream open reading frame，uORF），它位于 成熟mRNA 5端非编码区（5-UTR）。本文简介了uORF 同源群的挖掘方法、分类和进化，以及调控下游mORF 翻译的研究进展。植物（拟南芥和水稻等）和昆虫（果蝇等）基因组中普遍存在保守肽 uORFs，并且在序列 多样性方面有相似之处。但它们在平均长度、基因组聚类、与甲基转移酶的关联性上有所不同。植物 uORF 的长度通常短于昆虫uORF。借助拟南芥和水稻全长cDNA 序列比较，不同的uORF 同源群对其下游如转录因子， 信号转导因子、发育信号分子和翻译起始因子eIF5 等编码基因的mORF 具有调控功能。对于真核生物基因组 中包含CHCH 域的uORF 进行贝叶斯系统发育分析，结果表明，同源群8-like 分属5 个物种（绿藻、节肢动物、 线虫、无脊椎动物和真菌）。在真核生物生长、发育和生理过程中，uORF 通常作为反式因子对mORF 表达起调 节器作用，例如，在植物蔗糖、多胺、磷脂酰胆碱，以及甲基转移酶反应中，相当大比例的 uORF 参与介导 mORF 的翻译调控。 关键词：上游开放阅读框；翻译调控；进化；转录因子；转录物 Mining Method of the Upstream Open Reading Frames and Their Translational Regulation in the Plant Genomes WANG Ting-zhang, HU Wang-xiong, XU Jian-hong, XUE Qing-zhong (College of Agriculture and Biotechnology, Zhejiang University,Hangzhou 310058) Abstract: Approximately 20% of plant genes have small upstream open reading frame (uORF), which are located in the 5 UTR of a mature mRNA. The mining methods, classification and evolution of th e uORF homologous groups, and research progress of their translation regulation to downstream mORF were briefly introduced . Conserved peptide uORF (uORF) are ubiquitous in plants (Arabidopsis and rice) and insects (fruit fly) genomes, and they have similar diversity of sequences, but differ in their average length, genome clustering, and their preferential association with methyltransferases. Plants usually have s horter uORF than that of insects. Comparative analysis of the full -length cDNA s