开源软件,助力化学教学.docVIP

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  • 2016-03-02 发布于北京
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开源软件,助力化学教学.doc

开源软件,助力化学教学    摘 要:随着开源软件的迅猛发展,其人性化和易操作性日益满足人们的需要,因而带动其渗透到各行各业中,中间不乏有助推教育技术发展的卓越成果。列举比较重要的开源软件在化学教育领域的应用,介绍各软件的特点以及性能,并展望其发展方向。    关键词:开源;化学;教学;软件    一、引言    化学教学的实践性和操作性很强,但是不是所有的实践都可以用文字描述、概括清楚,例如,反应机理的验证、复杂分子三维结构可视化等,因此、在进行理论教学的同时,需要利用计算机软件对理论知识进行说明,以加强学生对理论知识的理解和掌握。这样首先就面对一个软件选择的问题。尽管有许多软件可供选择,但大部分都是付费软件,与其相对应也有自由软件,但是很多都是试用版或者功能、时间限制版。随着开源软件的蓬勃发展,为化学教育提供新的多样性选择。开源软件即开放源代码的软件,是指在有关许可协议方式的规范下,任何人能够自由获得、拷贝、研究、改进以及分发其源代码的软件。广义的开源软件指任何公开源代码的软件。开源软件具备可免费使用以及公布源代码等主要特征、使用开源软件的优势在于学生一旦懂得操作,即可在工作中可以使用;与其相反,付费软件有可能因为没有购买版权,即使懂得操作也无法公开使用以及出版,不能够做到学以致用。开源软件从系统分,有DOS系统、Windows系统、Linux内核、以及跨平台如JAVA;从功能分,有资料提供软件、结构建模软件、化学编辑软件、反应机理软件、分子模拟软件等。开源软件目前主流仍旧在Linux系统,这对于初学者有一定的难度,但是随着Windows一统天下的局面终结,系统平台也趋于多元化,IE浏览器的终结伴随国外opera、Chrome、 firefox和国内Maxthon、360、QQ等群雄并起的局面,以及手机平台iOS和Android纵横驰骋,足可一见其斑。    二、开源软件在化学教学中的应用    1.化学编辑软件    ChemPaster是一款用于编辑化学式的软件,与同类软件相比,其对无机化学式和有机化学式都提供了完美的支持。无需生成中间档案便可将化学式插入各种主流文件处理程序中。提供基本绘图功能,可以直接实现仪器的绘制。提供许多绘制好的仪器图片。Math-o-mir是个强大的公式编辑器。FX Chem Struct提供给教师使用的化学图表工具,内置所有化学符号可供使用。Chemix是一个实验仪器仿真软件,类似Chemoffice实验模块的Flash程序。Veusz可以绘制各种科学图表,内包含Python程序库。    2.资料提供软件    常见的资料提供软件包括ChemHandbook、SCIfinder。与其对应开源软件有基于Java完成的Polyhedron Search可以利用化合物的多面体特征以及对称性进行网络搜索;HSC Chemistry是世界上使用最广泛的热化学计算应用软件。对于合成化学的教学,Systematichem Syntheses Viewer是一大福音,其内嵌的可视器与SysChem公司的网站数据库联合,提供常见目标产物的合成路线。Toxtree是一个有毒化合物的分析工具,可以通过插件对不同的制作方案进行分析,它使用Java编写,可以支持多平台。Kalzium是一个显示化学周期表的程序,还可以根据分子式显示元素的三维立体图,并测量原子之间的距离,其化学方程式配平器还可以实现将化学方程式配平。    3.结构建模软件    常见的付费结构建模软件包括ChemDraw、ChemWindow、Chemsketch、ISISDraw,其中Chemsketch是自由软件,但是更高一些功能则需要付费。在开源软件中,Avogadro是一个交叉平台上的开源的高级分子编辑器和显示程序,可以使用在计算化学、分子建模、生物信息学、材料科学和相关领域中。它提供了强大而灵活的插件功能,界面也非常的友好。GAMGI是用于linux上的一个图形界面来查看和分析原子结构信息程序,对于分子、晶体、玻璃、液体等也比较适合。对于大分子例如蛋白多糖等,可以采用CueMol可视化,它还可以看到分子3D结构并有渲染功能。PyMOL采用可扩展的模块方式,可以方便地集成到其他应用程序中。比较受欢迎的还有Rasmol和Jmol,这是一个相对较弱的三维显示软件。不过它不能编辑和创建分子模型,只有可视化功能。一般情况下,与ISISDraw连用。也可以单独使用,功能也比较简单,容易操作。有特色的是其跟踪日志功能,这里要注意Jmol的开发者特别约定了元素、残基、氢键等各种结构特征的颜色配置。WebLab Viewer Pro自身能够编辑和绘制分子模型,同样功能简单,除了拥有一般三维结构模拟软件的特点以外,它表现生物分子和晶体结

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