Genome-wide analysis of the calcium-dependent protein kinase gene family in Gossypium raimondii.pdfVIP

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2016-03-28 发布于天津
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JournalofIntegrativeAgriculture2015,14(1)29-41 Availableonlineatwww,sciencedirect．com SCienceDlirreeCctt ELS】三VIER RESEARCH ARTlCLE Genomew·ideanalysisofthecalcium-dependentproteinkinase !：Ienet●am liliV lin Iossypl■um rai■m ond■，■，■ U Li-bei，YUDing-wei，ZHAO Feng-li，PANG Chao-you，SONGMei-zhen，W EIHeng-ling，FAN Shu-li， YU Shu-xun StateKeyLaboratoryofCottonBiology,InstituteofCottonResearch，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Anyang45504 尸．尺．China Abstract Plantcalcium—dependentproteinkinases(CDPKs)playimportantrolesindiversephysiologicalprocessesbyregulatit thedownstream componentsofcalcium signaling．Todate，onlyafew speciesoftheplantCDPKgenefamilyhavebeq functionallyidentified．Inaddition，therehasbeennosystematicanalysisoftheCDPKfamilyincotton．Here，41putati’ co~onCDPK(GrCDPK)geneswereidentifiedwabioinformaticsanalysisoftheentiregenomeofGossypiumraimon andwereclassified intofourgroupsbasedonevolutionaryrelatedness．Genestructureanalysisindicatedthatmost theseGrCDPKgenesshareasimilarintron—exonstructure(7or8exons)，stronglysupportingtheircloseevolutiona relationships．Chromosomaldistributionsandphylogeneticsanalysisshowedthat13pairsofGrCDPK genesarose segmentalduplicationevents．Fu~hermore，usingmicroarraydataofuplandcotton(G．hirsutumL．)，comparativeprofil~ analysisoftheseGhCDPKsindicatedthatsomeofthe encoding genesmightbe involved intheresponsestomultiF abioticstressesandplayimportantregulatory rolesduringcottonfiberdevelopment．Thisstudyisthefirstgenome—wil analysisoftheCDPKfamilyinco~on．anditwilIprovidevaluableinformationforthefurtherfunctionalcharacterization cottonCDPK genes． Keywords：GrCDPK，cotton，stress，genefamily，expression oftheArabidopsisthaliana genome，thisfamilycontait approximately34members(Hrabak