SNaPshot方法构建20个X-SNPs复合分型体系及其河北汉族人群遗传学调查.pdfVIP

中文摘要 及河北汉族人群遗传学调查 摘 要 目的：X染色体遗传标记因具有独特的遗传方式，在解决特殊案件方 面具有其他遗传标记无法比拟的优势，是常染色体遗传标记的重要补充。 nucleotide 单核甘酸多态性(single 部位单个碱基序列的变异，具有含量丰富、突变率低、易于开展高通量自 动化研究等优点。同时，由于扩增片段短，SNP遗传标记尤其适合降解检 方法一次可以检测数十个SNP位点，检测的位点通量高，灵敏度高，适合 于法医学应用。目前，X染色体SNP在法医学的研究与应用尚不成熟。本 标记复合分型体系，对河北汉族人群进行群体遗传学调查，并对该复合分 型体系的法医学应用价值进行评价。 方法： 1、基因座的选择：利用Hapmap网站的数据，筛选出X染色体上均衡 分布的20个多态性好的X．SNPs位点。 Premier 应用引物设计软件Primer 6．0设计PCR：Jf物和单碱基延 5．0幂1]oligo 伸引物。 试剂盒进行单碱基延伸反应，再经虾碱性磷酸酶纯化去除ddNTP，应用 ABI3 Collection 130基因分析仪进行检测，Data V3．0软件收集数据， Genemapper 及退火温度、循环次数等因素，使各位点检测产物量尽可能均衡。 4、群体遗传学调查和法医学应用研究：利用构建的复合分型体系对 217例(女112例，男105例)河北汉族健康无关个体进行群体遗传学调查， 计算法医遗传学参数和进行连锁不平衡检验；评价体系的灵敏度、种属特 中文摘要 异性和组织同一性；评价其在亲权鉴定和腐败降解检材分析中的应用价 值。 结果： 产物长度在61．99bp之间，单碱基延伸引物长度在20。68bp之间。 2、通过优化PCR反应体系的各种条件和电泳分型的各种参数，成功 构建T20个位点的复合分型体系，各基因座间峰型均衡。 例男性个体单条X染色体单体型各不相同。各位点男女等位基因频率无显 著性差异，合并男女数据进行总群体等位基因频率统计：各位点最小等位 基因频率均大于0．3，且75％的位点大于0．4，显示出各位点在河北汉族人 群中的等位基因分布比较均匀；20个位点的平均杂合度为0．486，平均多 态性信息含量为0．367，女性群体的平均个人识别能力为0．617，男性群体 的平均个人识别能力为0．486，三联体平均非父排除概率为0．367，二联体 平均非父排除概率为0．243。连锁不平衡分析结果显示，对20个位点进行 两两比较， l I D7l=O．3642 r2=O．0943)、rs5951 1 848r2=O．0848)、 I D1=O．3 622矛1]rs5963947(p．=O．0000 rs75701 1 1 8和rs2522 I D’I=O．274r2=O．0606)显示连锁不 69(p=0．00023 平衡的存在。但三对位点两两间并不相邻，分别相距35．1Mb、19．4Mb、 105．0Mb。 对猪等非人类生物检材进行DNA分析，均未检出延伸产物。亲缘关系鉴 定案件检测中未发现突变，且各位点均是按X染色体特有的交叉遗传方式 遗传。该体系对同一个体的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏检测结果分型 PCR 一致。在分析腐败降解检材方面，与InvestigatorArgus．