第十三章生物芯片精要.pptVIP

第十三章 生物芯片技术 一、生物芯片的概念 :(Biochip) 所谓生物芯片就是缩小了的生物化学分析器，通过芯片上微加工获得的微米结构和生物化学处理结合，将成千上万个与生命相关的信息集成在一块厘米见方的氧化硅，玻璃或塑料等材质制成的芯片上。是将生命科学研究中所涉及的不连续的分析过程（如样品制备、化学反应和分析检测），利用微电子、微机械、化学、物理技术、计算机技术在固体芯片表面上构建的微流体分析单元和系统使之连续化、集成化、微型化。 包括四个基本要点 芯片方阵的构建、样品的制备、生物分子反应和信号的检测等。 1.芯片制备是先将玻璃片或硅片进行表面处理，然后使DNA片断或蛋白质分子按顺序排列在芯片上 2.生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，一般不能直接与芯片反应。可将样品进行处理，获取其中的蛋白质或DNA、RNA，并且加以标记，以提高检测的灵敏度。 3.生物分子反应为芯片上的生物分子之间的反应，是芯片检测的关键一步。通过选择合适的反应条件使生物分子间反应处于最佳状态中，减少生物分子之间的错配率。 4.芯片信号检测，常用的芯片信号检测方法是将芯片置入芯片扫描仪中，通过扫描以获得有关生物学信息。 生物芯片原理及应用 芯片模式图 (一) 基因芯片（Genechip） 又称DNA芯片(DNAchip)。它是在基因探针的基础上研制出的，它将大量探针分子固定于支持物上，然后与标记样品进行杂交，检测杂交信号的强度及分布，以获取样品分子的数量和序列信息。可同时对数以千亿的DNA片断同时进行处理分析。基因芯片技术的主要特点：技术操作简单、自动化程度高、序列数量大、检测效率高、应用范围广、成本相对低。 1.原位合成型(In Situ Synthesis) 指根据预先设计的点阵序列在每个位点通过有机合成的方式直接聚合得到所要求的探针分子。聚合之后芯片片基的制作即告结束。该方法有两类：光引导原位聚合技术与压电打印原位聚合技术。 光引导原位聚合技术 简要过程是使支持物羟基化，用光敏集团将其保护起来，选择适当的蔽光膜（mask）使需要聚合的部位透光，其它部分不透光，光通过蔽光膜照射致支持物上，受光部位的羟基解保护，进而与单体分子共价结合。合成所用的单位分子一端按传统固相合成方法活化，另一端受光敏保护基的保护。发生偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护集团。 因此，每次通过控制蔽光膜的图案（透光不透光）决定哪些区域被活化，以及所用单体的种类和反应次序就可以实现在特定位点合成大量预定序列寡聚体的目的。本方法优点是合成效率高，点阵密度高。缺点为设备昂贵，技术复杂，反应产率低。 芯片合成动画1 芯片检测动画2 压电打印原位聚合技术 其装置与普通的彩色喷墨打印机相似，所用技术也是常规的固相合成方法。即将墨盒中的墨汁分别用四种碱基合成试剂替代，支持物经包被后，通过计算机控制喷墨打印机将特定种类的试剂喷洒到预定的区域上。冲洗、去保护、偶联等同于一般的固相原位合成技术。如此类推，可合成出长度为40—50bp的探针。本法优点是设备廉价，技术相对简单，反应产率高。缺点是点阵密度低，易产生交叉污染。 2.点膜型 合成工作用传统的DNA固相合成仪完成，合成后用特殊的自动化微量点样装置将其以比较高的密度涂布于硝酸纤维膜、尼纶膜或玻片上。支持物应事先进行特定处理，例如包被以带正电荷的多聚赖氨酸或氨基硅烷，以便能够牢固地结合寡核苷酸分子。该方法是目前大多数中小型公司所采用的方法。本法优点为设备廉价，技术简便，研制周期短，灵活性高。缺点是点阵密度低。 点膜型根据支持物的不同，有如下几种： 薄膜型：如聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼纶膜等。这种类型芯片的点阵是通过点膜形式制作的，并通过一定的方法使探针能够牢固地结合于其上，整个过程类似于斑点杂交技术（如clone tech公司）。 玻片型：这种芯片的点阵是通过原位合成技术制作的，点阵密度很高，须借助于特殊的仪器对测定结果进行解读和分析。当前具有此类产品研制能力的公司很少（如Affymetrix公司）。 微板型；这种芯片是一种具有高密度小容量测试孔的小型酶联免疫检测板（如PE公司等）。 集成电路型：将杂交技术与微电子技术结合于一体有目的地通过电子装置检测或控制DNA等生物大分子的作用过程（如Nanogen公司）。 点膜型动画 3基因芯片的应用 基因表达检测：人类基因组编码大约10万个不同的基因，仅掌握基因序列信息资料，要理解其信息功能是远远不够的，因此，具有检测大量mRNA的实验工具很重要。基因芯片技术易于检测非常大量的mRNA并能敏感地反映基因表达中心的微小变化。利用基因芯片技术人们已比较成功地对多种生物包括拟南芥、酵母及人的基因组表达情况进行了研究，并且用该技术（共157112个探针分