量子化学计算方法Gaussian的使用精要.ppt

(2) G03辅助程序的使用： Formchk.exe 该程序用于将非文本方式的chk文件，转化为文本方式的 chk文件，使用方式： Unfchk.exe 该辅助工具用途与formchk相反，是将文本方式存放的chk文件 转化为二进制格式(binary)存放。 使用方式： Freqchk.exe: 该工具用于从chk文件中读取freq的计算结果： 与Freq计算相比，采用该方法可以考虑温度、压力以及同位 素质量对IR振动光谱的影响，输出结果与Freq计算结果类似。 chkmove.exe: 该辅助工具主要用于将在某一平台下的chk移植到另一平台， 例如将在linux系统下运行G03得到的chk文件移植到Windows 平台上，以便于作进一步计算或结果处理，具体步骤如下： 在linux平台下，先将二进制方式存放的chk文件，转化为文本 方式(注：该文本方式与formchk产生的不同) chkmove f try.chk try.fch 然后将try.fch文件传输到windows平台，再将其转化为二进制 格式的chk文件： 要转化为文本(F)还是非文本方式(U) (3) G03相关软件的使用： Gaussian程序作为目前流行的量子化学计算程序，具有很多 与其配套使用的程序，这里主要介绍分子轨道图形化软件的 使用： a. Gopenmol的使用： 该软件十分适合于产生三维MO轨道图像，虽然使用流程较为复杂，但该软件是免费软件，可从网络搜索上获得。该程序安装过程简单，只需将下载的压缩包解压后，运行install即可。 %mem=64mb #p b3lyp/6-31g* cube(50,orbitals) C2H4 0,1 C C,1,1.34 H,1,1.0,2,120.0 H,1,1.0,2,120.0,3,180.0 H,2,1.0,1,120.0,3,0.0 H,2,1.0,1,120.0,3,180.0 c2h4.cub 8 9 使用该程序时，Gaussian输入文件需使用cube关键词， 例如： 该数值用于指定计算的网格点 数，相当于MO图像的分辨率 用于存放cube计算结果的文件,该文件位于Scratch目录下 所要考察的MO编号 使用过程： 运行位于bin目录下的rungopenmol.bat 对G03产生的cub文件进行处理，产生作图所需数据： 1 2 3 4 5 运行后产生： c2h48.plt c2h49.plt c2h4.crd 存放分子构型 步骤： 读入分子构型： 产生MO轨道拓扑图： 1 2 3 4 步骤： 5 保存： 对构型优化的补充说明: 除了采用opt关键词外, 有时候也可使用scan关键词来扫描化合 物的势能面, 以C2H6为例, 考察旋转角的影响: 1(2) 3 4 5 (6) (7) (8) %mem=64mb #p b3lyp/6-31g scan nosymm Scan of C2H6 0,1 C C 1 r1 H 1 r2 2 a1 H 1 r2 2 a1 3 120.0 H 1 r2 2 a1 3 240.0 H 2 r2 1 a1 4 d1 H 2 r2 1 a1 3 d1 H 2 r2 1 a1 5 d1 r1=1.5481 r2=1.0956 a1=111.7037 d1 0.0 10 12.0 因在扫描过程中 分子的点群将改 变, 故需取消对称 性限制 依次为初始值, 扫描点数, 步长 由图可见, 乙烷交错式和重迭式之间存在约11kJ/mol的势垒 11kJ/mol Scan的方法只适用于维数较低的情形, 有时为了寻找构型改变的主要影响因素时可用该方法, 此外也适用于单变量体系. 采用scan方法的缺点是在扫描某个或多个变量的同时，其它部分构型是固定的，未进行优化。因此，更为合理的方法是在扫描的同时对剩余部分的构型也进行优化，此时可以采用限制性优化方法，在G03，可通过opt关键词的选项ModRedundant来实现。 %mem=64mb #p b3lyp/6-31g opt=ModRedundant nosymm Scan of C2H6 0,1 C C 1 r1 H 1 r2 2 a1 H 1 r2 2 a1 3 120.0 H 1 r2 2 a1 3 240.0 H 2 r2 1 a1 4 0.0 H 2 r2 1 a1 3 0.0 H 2 r2