第六章-DE蛋白质样品制备分离与图象分析资料.pptVIP

第六章-DE蛋白质样品制备分离与图象分析资料.ppt

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ImageScanner图像扫描系统 20 ′ 20 cm in 40 sec (at 300 dpi) Transmission and reflection mode 0.00 to 3.4 O.D. Scan color selection 14 bits / pixel (grey) Linked to ImageMaster Typhoon Multi-color fluorescence Phosphor-imaging Chemiluminescence (2)2-DE胶图象分析 蛋白质点数统计、蛋白点定位、编号和相对丰度分析等。 主要图象分析软件有: melanie II 3, 4 PDQuest 7.0, ImageMaster 2D Elite 3.10 Phoretix 2D. 2-DE Image Analysis: Image documentation Spot detection Background subtraction pI/Mw calibration Spot normalization (归一化) Gel matching (匹配) Statistics analysis A.蛋白质点检测 对每一个象素点构建一个算子operator.根据光密度检测出完整蛋白质点。 手动执行:spot detection wizard 自动执行:initialise B.背景消减 C.归一化处理 相对定量,便于不同胶的比较。 D.蛋白质点匹配 E.结果输出 IPG 3-10L SDSPLA-801-D、C株细胞蛋白通过在pH3-10L宽pH范围内进行二维电泳所得的凝胶图谱。在pH3-10L和Mr14,000-97,400Da范围内利用PDQUEST软件分析图象。(A)选取的是PLA-801-C株蛋白的扫描图,(B)为经图象加工、背景消除的图象。PLA-801-D的图象数据此处未示。 Report Silver staining gel Spot detect Matching Differential map Normalization ImageMaster 凝胶图象分析流程图 ImageMaster Version 3.0 Spot Detection wizard Accurate spot detection ImageMaster Version 3.0 Background removal using different methods. ImageMaster Version 3.0 Getting Spot volume is as easy as clicking on a spot, the corresponding row is highlighted in the table. Clicking on a row, highlights and centers the spot in the image window. Histograms are available for each spot. 分析软件ImageMaster 2D Elite 3.10 ImageMaster 2D Database Query with 2D Database Primary Passage 20 Passage 35 BEP2D细胞蛋白质2D图谱差异点比较 S U T 2-D蛋白斑点药物作用时间(h) 0 2 6 12 24 W A、C、d、D分别对应2-D电泳图上相应的蛋白质点 1-DE Image Analysis 蛋白质含量(纯度)信息 蛋白质pI/Mw分析 SDSof SARS proteins Mw: 30Kd Mass: 2 ug 94,000 67,000 43,000 20,100 14,400 1-D Analysis 1-D Analysis 2、二维电泳蛋白质数据库 Appel等1996(Electrophoresis, 17: 540-546)提出网上联合数据库规范: (1)可远程关键词检索 (2)可与其他数据库连接 (3)可连接不同交叉参考数据库目录 (4)点击胶上蛋白点可调出单个蛋白相关信息 (5)可进入联合电泳数据库 瑞士生物信息研究所 WORLD-2DPAGE网子站 可连接30多种2D数据库。 思考题: 分步提取的原理与方法 简述从样品制备到数据库检 索的主要技术环节 人有了知识,就会具备各种分析能力, 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书,广泛阅读, 古人说“书中

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