嗜水气单胞菌转录调控蛋白基因的克隆及序列分析.pdfVIP

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2016-05-12 发布于安徽
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嗜水气单胞菌转录调控蛋白基因的克隆及序列分析.pdf

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生物技术通报 ·研究报告· BIOTECHNOLOGY BULLETIN 年第期 2014 7 嗜水气单胞菌转录调控蛋白基因的克隆与序列分析李雪胡秀彩兰云沈晓静吕爱军朱爱华（江苏师范大学生命科学学院，徐州 221116）摘要：根据嗜水气单胞菌（）转录调控蛋白（AhyR ）基因序列设计特异性引物，采用PCR 方法克隆 Aeromonas hydrophila 嗜水气单胞菌Zf 1 菌株AhyR 基因，测序目的基因大小为1 063 bp 。对AhyR 基因编码蛋白进行生物信息学分析，推导其开放阅读框（ORF ）编码260 aa ，含有自体诱导物结合域（18-168 aa ）、LuxR 型螺旋-转角-螺旋（HTH ）DNA 结合结构域（176-24 1 aa ），以及 13 个磷酸化位点（15S、30T 、62S、144S、145S、156S、161Y 、173S、184T 、188T 、200S、227S、231Y ）。AhyR 蛋白三级结构与模板（PDB ：3SZT_A ）相似性达28.40% ，结果显示LuxR 型螺旋-转角-螺旋结构域主要以α螺旋分布在C 端外侧，这与拉马钱德兰图（Ramachandran plot ）检测分析AhyR 蛋白空间结构基本一致。关键词：嗜水气单胞菌转录调控蛋白序列分析三级结构 Cloning and Sequence Analysis of Transcriptional Activator Protein Gene from Aeromonas hydrophila ü Li Xue Hu Xiucai Lan Yun Shen Xiaojing L Aijun Zhu Aihua （School of Lif e Science ，Jiangsu Normal University ，Xuzhou 221116 ） Abstract: Transcriptional activator protein （AhyR ）gene of Aeromonas hydrophila strain Zf1 was amplified by PCR using the designed primers, resulting in a 1 063 bp DNA sequence. The sequencing analyses revealed AhyR gene encoding a protein of 260 amino acids which has autoinducer binding domain （18-168 aa ）and LuxR-type helix-turn-helix （HTH ）domain for DNA binding （176-24 1 aa ）. Moreover, AhyR protein was predicted containing 13 phosphorylation sites （ie., 15S, 30T, 62S, 144S, 145S, 156S, 161Y, 173S, 184T, 188T, 200S, 227S and 231Y ）. The homology mod