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代谢组学的研究方法与多组学的信息回复 闵少颖 2007.12.19 代谢组学的研究方法与多组学的信息回复 1 引 言 2 代谢组学的研究方法 3 信息回复的新方法 4小结 1 引 言 代谢组学现在被看作是自上而下的生物体系的一个中心支柱。本文总结了制作和解释代谢物图谱的一些方法，这些方法的基础是核磁共振光谱学，质谱学和多变量化学统计学。本文描述了从复杂的数据组中获得信息的最新进展。 最近，分子生物学的研究热点是当用药物处理或有其他干涉时在RNA水平上测定多基因表达差异（转录物组学），细胞或组织中测定多种蛋白质表达差异（蛋白质组学），这两方面我们已经做了许多工作。在研究转录物组学和蛋白质组学中出现的问题是经常很难将被检测的基因表达上的差异或者是蛋白质水平上的差异与常规的疾病和药物相关的位点联系起来。 在小分子代谢物水平上也有类似的发展，这就导致了代谢组学研究的标志性扩展。 下面将讲到的这些方法能够在生物体液，组织和他们的系统的变化和时间的变化这些代谢物水平上给出全面的系统分布图。这种结果的出现不仅是宿主基因组控制的也是由扩充的基因组控制的。（例如，在所有哺乳动物中的内脏细菌就可以提供这种扩充的基因组），也可能是其他环境因子（例如饮食，药物作用和生活方式等）的作用结果。这里用到的一些技术和应用软件在相关的书中都有介绍。 动物和人被看作是具有各种共生的内脏微生物区系（通常是未知的基因组）组成的内生态系统的“超有机体”。这些内脏微生物在新陈代谢的过程中与宿主发生相互作用。哺乳动物生物体系的复杂性和各种不同的特性被用“组学”数据检测而且已经作出了前面的解释。现在需要一种新的方法来检测和模拟这种共作用的新陈代谢过程。 早在多组学的方法发展之前通过运用核磁共振光谱，质谱的方法同时分析生物体液中的过剩的代谢物已经被完成。核磁共振光谱和质谱的方法显示出运用多变量的统计学表能够解释这些复杂的数据。 代谢组学的研究一般用生物体液或细胞或组织提取物，这些通常也比较容易得到。尿液和血浆在临床试验中通常被用于疾病诊断和药物治疗的监控。另外，许多代谢组学的研究用分析活组织切片检查样品以及他们的脂质和水提物，也有体外细胞体系，模型体系，组织细胞和球状体。在这方面有许多关于植物新陈代谢研究的文献。 在人类基因组和其他基因组的译码以及综合基因表达和蛋白质组数据方面，对分子生物学的理解有一个显著的扩展。然而只有代谢组学有能力在个体水平和群体水平上提供完整的生物体系的信息。正因为这个原因，代谢组学被看作是自上而下的生物体系的一个支点。 2 代谢组学的研究方法 体液中的代谢物质与细胞、组织和整体水平的生物化学状态密切相关。正常状态下机体中的代谢物组成处在一个动态的平衡当中。当机体受到毒性物质、代谢障碍或者生理因素的影响时，在细胞、组织，甚至整体水平会发生代谢的变化应答，导致代谢物种类和浓度的变化。出现异常时，生物体液的组成就会产生变化。代谢组学就是通过检测代谢物水平的整体和动态变化，提取相关的生物代谢标志物群体或标志物簇(biomarker clusters)，在此基础上寻找所受影响的相关代谢途径或环节，从中上推寻找相关蛋白质组的对应变化，确立代谢网络调控机制进而联系和认识转录组与相关的调控基因功能。 代谢物整体水平的检测分析：必须依赖分析化学中的各种谱学技术，包括磁共振波谱、质谱、色谱、红外和拉曼光谱、紫外- 可见光谱等及其偶合联仪方法获取代谢组数据；利用分析化学中的化学计量学或化学信息学的研究方法将这些(海量)数据进行统计和归类分析，从而提取代谢特征或代谢时空的整体变化轨迹,因此，分析化学在代谢组学研究中具有基础性的重要作用。 代谢组学属于整体认识的思想，所强调的代谢特征或代谢时空整体变化，不是传统意义上的某种代谢物或少数几种代谢物含量和存在方式的变化，因此，常常需要采用多变量统计分析方法。另外，通过代谢组变化获取的“生物标志物簇”也只是代谢组学研究的一个初级阶段性目标，而建立代谢特征或代谢时空变化规律与生物体特性变化之间的有机联系，才是代谢组学研究的根本目标。现有的分析方法基本上可以归为三类：色谱- 质谱联仪方法、磁共振波谱法和色谱- 核磁- 质谱联仪法。 用于代谢组数据分析处理的化学计量学方法很多，但大体包括两类：非指导性(unsupervised)和指导性(supervised)方法。最常见的非指导性方法为主成分分析(principal component analysis，PCA)，最常见的指导性方法为偏最小二乘法为基础的分析(partial least square, PLS)。这两种方法常常以所谓的scores plot 和loadings plot 的形式输出分析结果，前者表征对比代谢组之间的区别和相似程度；而后者给出导致其区别(或相似性)的有贡献