生ゴミ処理槽における 微生物のコミュニティ解析.pptVIP

生ゴミ処理槽における微生物のコミュニティ解析 指導教員　大西純一 41315　木村唯人 微好気を保った生ゴミ処理槽 目的 微好気を保った生ゴミ処理槽ではどのような微生物コミュニティが形成されているかを解析し、その特徴を明らかにすることを目標とした。 16S ｒDNAによる系統解析 高度に保存されているリボソームRNAのスモールサブユニットをコードする遺伝子をPCR法により増幅した。 検出された16S rDNAの配列を既に判明しているバクテリアの16S rDNAと比較し分子系統解析を行った。 方法 PCRでターゲットにしたrDNA部分 環境DNAから増幅したrDNA断片のRFLP分析 単離クローンのRFLP解析 RFLP解析からのグループ分け 塩基配列決定とアライメント BLASTによる近縁種の検索 未同定細菌群TM7 division（フィラメント状細菌）に属するものが4株、α-Proteobacteria (リゾビウム目）, Acidaminococcus (嫌気性のグラム陰性球菌), β-Proteobacteria (Janthinobacterium, Pandoraea [気道感染菌], Acidovorax [植物病原細菌] ), Verrucomicrobia門, Caldilinea aerophila (糸状好熱細菌) Planctomyces, Acidobacteria門に近縁である種がそれぞれ一株ずつあることが分かった。 まとめ 生ゴミ処理槽には土壌、処理排水等にいる微生物が多く存在している。また条件嫌気性のものが多い。 RFLP解析はある程度のグループ分けができるが、使用する制限酵素、条件を再検討する必要がある。 TM7 division　に近縁のバクテリアが多く検出された事からこれらが処理槽での何らかの重要な役割を持つ可能性が示唆された。 謝辞 　 バイオフィルムを提供して頂いた定家先生 　　　　 * ?通常の生ゴミ処理槽と比較すると有害な気体（CH4, SO2, H2S, NH3等）が発生しない。 ?排液を畑に撒くと生産性が上がる可能性がある。 ?脱窒？ バイオフィルム?土壌からDNAを抽出 16S　rDNAをPCRで増幅 塩基配列決定 Restriction Fragment Length Polymorphism （RFLP）解析 系統解析 サブクローニング 　　16S　ｒDNA　（約1500 bp） 約700　bp PCRで標的にした部分とRFLP解析について RFLP解析 A B C D E 制限酵素処理 　　(AfaⅠ） rDNA増幅断片 A B C D E 処理槽 東門脇の畑 処理槽 東門脇の畑 ゲル抽出後 制限酵素処理 rDNA増幅断片 約700 bp 100 bp 650 bp 100 bp 200 bp 300 bp A B A C A A D A A A A E F G 分子マーカー 1 グループE 1 グループF 1 グループG 1 グループD 1 グループC 1 グループB 8 グループA 検出数 E.coli Bacillus sb A E C D B A A G A A A F TM7 division？ α-Proteobacteria (リゾビウム目） Acidovorax （植物病原細菌) Acidobacteria門 Pandoraea （気道感染菌） Janthinobacterium β-Proteobacteria Planctomyces Verrucomicrobia門 Acidaminococcus (嫌気性のグラム陰性球菌) Caldilinea aerophila (糸状好熱細菌) Hugenholtz et al. (1998) J.Bacteriol. 180: 4765. 定家先生の関係する微好気を保った生ゴミ処理槽では次のような特徴がある。 通常の生ゴミ処理槽と比較すると有害な気体（CH4, SO2, H2S, NH3等）が発生せず、有機物がほぼ完全に分解されます。 また、排液を畑に撒くと生産性が上がる可能性があります。 これらいずれも硝酸、アンモニアを窒素に還元する脱窒活性が寄与するものと考えています。 本研究ではこの微好気を保った生ゴミ処理槽どのような微生物コミュニティが形成されているかを解析し、その特徴を明らかにすることを目標としました。 微生物のコミュニティ解析を行うために16s rDNAによる系統解析を用いた。 高度に保存されているリボソームRNAのスモールサブユニットをコードする遺伝子をPCR法で増幅しました。