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创腾科技有限公司  PAGE \* MERGEFORMAT 108 Materials Studio教程 初级培训班 创腾科技有限公司 MS产品技术部 Copyright ?2013, Neotrident Technology Ltd. All rights reserved 1. Materials Visualizer的使用 1.1 管理Project 当你在进行各种分子模拟工作的时候，Materials Studio软件会生成具有不同文件名以及不同后缀的文档。为使这些文档的管理工作变得更简单，Materials Visualizer有一个叫做Project Explorer的文件管理器，它与一些高级程序语言包如VC++的文档管理系统相似，你可以藉由这个管理器生成自己的文件夹和文档，并订制文档组织以帮助你纪录所做的工作。 1.1.1 Project的细目分类 本节以一个Project为例，只用于示范目的，不牵涉到任何要完成的工作。在这个例子中，一个m-二甲苯已经被导入并进行了最小化，然后执行了动力学运算并对其进行了分析。现在对其进行细分来反映每一步在Project管理中的变化。 输入m-二甲苯 结构优化后，一个m-xylene Forcite Geomopt文件夹出现。最小化后的结构被放到了此文件夹下(以蓝色高亮显示)。m-xylene.txt文档包含了Forcite plus计算中的信息 c) 执行完动力学计算后，数据被放置到m-xylene Forcite Dynamics文件夹下，m-xylene.xtd是轨迹文档，包含了动力学模拟情况。 这是一个标准计算的布局图。每一个新的计算都基于前一个计算的结果，新的子文件夹将加入到文件树中。这就允许你按照文件树来查询试验路径。 1.1.2使用自动保存 MS Modeling中有自动保存功能，会在指定的时间间隔内将文档的变化自动保存到硬盘上。如果你需要在一定时间内自动保存文件，那么请确定该选项被打开，如果必须的话，请设定两次更新之间的时间间隔。 从Tools菜单中选择Options...。在General栏中，确保Enable AutoSave被选中，且时间间隔为10分钟。 如果MS Modeling被意外关闭，例如断电或者计算机重起，而在此之间你有一次机会保存工作，那么在重起之后就会有机会恢复当前Project最后一次自动保存时的文档。 注意：恢复的选项只有一次，如果拒绝恢复自动保存文件，那么这些硬盘上的信息就会被删除。此外，你可以通过在Folder Locations栏中指定位置来手动恢复自动保???的文档。在Options中选择Folder Locations。检查AutoSave文件夹的默认位置。 1.1.3输入模型 下一步是输入一个模型，以查看它会出现在Project Explorer的哪一个层次上。 输入文件后，会出现扩展名为.xsd的文件，其位置在Project Explorer中junior图标下的第一层。如果你没有看到扩展名，那么请在Windows文件浏览器的文件夹选项部分取消“隐藏文件扩展名”一项前的勾。 1.1.4产生表格文档 生成一些文档进行处理。这可以通过运行粉末图案计算来快速完成。在这里不需要进行分析，因为我们的目的只是为了查看文档操纵。粉末衍射通过Reflex模块来实现。可以通过Modules菜单或者Modules工具栏访问该模块。 从Modules工具栏或者Modules菜单选择Reflex工具，然后选择Powder Diffraction。 由于不使用其结果进行任何科学研究，因此不需要改变任何参数。 计算之后出现了两个文档，一个叫做.xsd，另一个为.xcd。其中.xcd为图表文件。在之后，我们会继续产生一个不同结构的图表，因此可以将当前结构和图表放置到一个文件夹内以保持Project Explorer整洁。 1.1.5产生新文件夹并移动文档 单击选择Project Explorer中的任何文件夹，New Folder按钮将被激活。按下此按钮将生成一个新的文件夹，其名称默认为New Folder，可以改变其名称以更适合。 注意：新生成文件夹的位置有所选择文件夹确定 在要移动的文档上按下鼠标左键，并将其脱拽到该文件夹中，放开鼠标，此文件即被移动到新文件夹内。 1.1.6 加入并重命名HTML文档 MS Modeling中也有一个重要功能，就是将HTML文档加入到Projects中。该文档可以在你工作的时候纪录实验的注释或计算设置。HTML文档比文本文档更有用，它允许将文本导入到任何支持HTML的文字处理程序中，同时它也更容易进行共享。 如果你已经产生了一个文档，它会自动加入到当前