功能基因组学及其研究方法讲述.ppt

功能基因组学及其研究方法 基因组学（genomics） 研究生物基因组的结构和功能的科学，即从整体水平上来研究一个物种的基因组的结构、功能及调控的一门科学。 1986年提出，至今20年，已经发展成为遗传学中最重要的分支学科。 基因组学研究的最终目标 获得生物体全部基因组序列; 鉴定所有基因的功能; 明确基因之间的相互作用关系; 阐明基因组的进化规律. 结构基因组学 结构基因组学，顾名思义，就是研究生物基因组结构的科学。它是基因组研究的第一阶段的工作，建立功能基因组学的基础。其主要目标是绘制生物的遗传图（genetic map）、物理图（physical map）、转录图（transcript map）和序列图（sequence map）。 基因组测序是结构基因组学最基本的研究工作。 结构基因组学(structural genomics)是通过人类基因组计划(Human Genome Project, HGP) 的实施来完成的。 HGP的内容就是制作高分辨率的人类遗传图和物理图，最终完成人类和其它重要模式生物全部基因组DNA序列测定。 自1990年开始实施人类基因组计划以来，在它的影响下，迄今已完成了400多个物种的基因组DNA序列的测定，其中包括流感嗜血杆菌、大肠杆菌、酵母、秀丽线虫等多个病原微生物和模式生物以及人类基因组的测序。 模式生物是指一类被深入研究旨在揭示特定生命现象普遍规律的生物物种。大多数生物学过程在长期的进化过程中是高度保守的，因此，许多生物学过程在大多数或所有的模式生物中都是类似的，模式生物也因此在生物学研究中具有不可替代的重要作用。 基因定位 基因组作图 测定核苷酸序列 The E.coli genome A portion of the E.coli chromosome showing genes and operons. A dot indicates the promoter for each gene or operon. Arrows and color indicate the direction of transcribtion: dark blue genes are transcribed left to right, light blue are transcribed right to left.Overlapping gene are shown in green. 功能基因组学 概念：利用结构基因组学提供的信息，以高通量，大规模实验方法及统计与计算机分析为特征，全面系统地分析全部基因的功能的学科。 近年来应用计算机生物信息技术，分析研究已测序完DNA序列的生物基因组后，发现了未知功能的许多基因，这促进了基因定位和基因表达调控的研究。 但目前功能基因组学的研究，还只局限于RNA水平。今后随着蛋白质分析技术的发展，例如，高效和超高灵敏度的双向凝胶电泳、色谱仪的出现，人们有可能在蛋白质水平上，分析基因组中基因间的相互作用，进而进一步地丰富和发展功能基因组学。 主要具体内容包括以下方面 （一）鉴定DNA序列中的基因 （二）同源搜索预测基因功能 （三）实验性研究基因功能 （四）描述基因表达模式 （五）蛋白质相互作用的模式 （一）鉴定DNA序列中的基因 计算机对基因组序列(DNA序列)进行分析，包括鉴定和描述推测的基因、非基因序列及其功能。 根据序列分析搜寻基因 查找开放阅读框（open reading frame, ORF） 开放阅读框都有一个起始密码子，ATG，还要有终止密码子。 从ATG开始，然后向下游寻找终止密码子。 起始密码子和终止密码子之间的碱基数目要能够被3整除 每一条链都有3种可能的阅读框，2条连共计有6种可能的阅读框. （二）同源搜索设计基因功能 同源基因在进化中来自共同的祖先，通过核苷酸序列或氨基酸序列的同源性比较推测基因组内相似功能的基因。 同源查询的依据 有亲缘关系的物种，基因组可能存在某种程度的相似性： 存在某些完全相同的序列； ORF演绎的氨基酸序列相似； ORF的排列相似，如等长的外显子； 模拟的多肽链的高级结构相似，等。 生物信息学(bioinformatics) 是运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含有的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。 利用生物信息学能够分析从微生物、动物、植物以及人类基因组序列测定产生的大量资料，阐明遗传信息。 研究内容两大类：DNA 数据分析；　　　　　　　 蛋白质数据分析。 D