蛋白质的三维结构之二.pptVIP

5章 蛋白质的三维结构 5.2.1 氢键 由电负性原子与氢形成的基团如N—H和O—H具有很大的偶极矩。 N—H……………… O= O—H……………… O= 一个是方向性，一个是饱和性。 5.2.5 二硫键 二硫键的形成并不规定多肽链的折叠。然而一旦蛋白质采取了它的三维结构则二硫键的形成对此构象起稳定作用。 3.613—螺旋 β折叠片 两种主要的β-转角 5.5 纤维状蛋白质 α-角蛋白与α-螺旋 丝心蛋白与β-折叠 胶原蛋白 4-5蛋白质的共价结构，三维结构作业 名词解释： 单纯蛋白（举例），缀合蛋白（举例）， 辅基，配体， 蛋白质的一、二、三、四级结构， 超二级结构，结构域， 肽平面（酰胺平面），谷胱甘肽（结构式），对角线电泳，完全水解，部分水解， 同源蛋白质，不变残基，可变残基， α-螺旋 β-折叠，膜内在蛋白， 蛋白质的变性与复性， 单体，同聚体，杂多聚蛋白 ? ? 回答问题： 1.????? 试举例说明蛋白质功能的多样性？ 2.????? 哪些实验能说明肽键是蛋白质的连接方式？ 3.????? 试述肽键的性质。 4.????? 试述蛋白质一级结构测定的策略。 5.????? 如何测定N-端氨基酸？ 6.????? 图示胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、嗜热菌蛋白酶 及胃蛋白酶的作用专一性。 7.????? 书p194—第2题 8.????? 研究蛋白质构象的方法都有哪些？ 9.????? 稳定蛋白质的三微结构的作用力有哪些？ 10.? 影响α-螺旋形成的因素有哪些？ 11.? 胶原蛋白的氨基酸组成有何特点？ 12.? 蛋白质变性后有哪些现象？ 13.? 举例说明蛋白质一级结构决定三级结构。 ? 5.4.3 β转角和β凸起 自然界的蛋白质大多是球状蛋白质。因此多肽链必须具有弯曲、回折和重新定向的能力。 β转角（β--turn）,或β弯曲（β—bend）或发夹结构（hairpin structure）,这是一种非重复性结构。在β转角中第一个残基的C==O与第四个残基的N—H氢键键合，形成一个紧密的环。 β转角在球状蛋白质中的含量是相当丰富的，约占全部残基的四分之一。 β凸起（β—bugle） 5.4.4 无规卷曲 无规卷曲（randon coil）或称卷曲（coil），它泛指那些不能被归入明确的二级结构如折叠片或螺旋的多肽区段。 这些“无规卷曲”也像其他二级结构那样是明确而稳定的结构。 这类有序的非重复性结构经常构成酶活性部位和其它蛋白质特异的功能部位，例如铁氧还蛋白和红氧环蛋白中结合铁硫串(iron-sulfur cluster)的肽环以及许多钙结合蛋白中结合钙离子的E—F手结构（E—F hand structure）的中央环。 5.6 超二级结构和结构域 5.6.1 超二级结构 在蛋白质分子中特别是在球状蛋白质分子中经常可以看到有若干相邻的二级结构元件（主要是α螺旋和β折叠片）组合在一起，彼此相互作用，形成种类不多的、有规则的二级结构组合(combination)或二级结构串（cluster）, 在多种蛋白质中充当三级结构的构件，称为超二级结构(super-secondary structure)、标准折叠单位(standard folding unit)或折叠花式(folding motif). αα、βαβ和ββ αα是由两股平行和反平行排列的右手螺旋段相互缠绕而成的左手卷曲螺旋 (coiled coil) 或称超螺旋。 最常见的βαβ组合式由三段平行β股和两段α螺旋组成。 ββ就是反平行β折叠片，只不过在球状蛋白质中多是由一条多肽链的若干段β折叠片反平行组合而成，两个β股间通过一个短环(发夹)连接起来。 5.6.2 结构域 多肽链在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区，它是相对独立的紧密球状实体，称为结构域（structural domain,）或域 (domain）。 结构域是球状蛋白质的独立折叠单位。对于那些较小的球状蛋白质分子或亚基来说，结构域和三级结构是一个意思，也就是说这些蛋白质或亚基是单结构域(dingle domain)的。 5.7 球状蛋白质与三级结构 蛋白质的三级结构是指由二级结构原件（α螺旋，β构象，β转角和无规则卷曲等）构建成的总三维结构。 5.7.1 球状蛋白质的分类 ◎ 全α—结构（反平行α螺旋）蛋白质 ◎ α，β—结构（平行或混合型β折叠 片） 蛋白质 ◎全β—结构（反平行β折叠片）蛋白质 ◎富含金属和二硫键（小的不规则）蛋白 质 5.7.2 球状蛋白质三维结构的特征 1）球状蛋白质分子含多种二级结构原件； 2）球状蛋白质三维结构具有明显的折叠层次；