Part-I---分子本质讲述.pptVIP

影响 Tm值的因素 ☆ 在 A, T, C, G 随机分布的情况下 ☆ GC%含量相同的情况下 GC%愈高 → Tm值愈大 AT形成变性核心，变性加快，Tm 值小 ☆ 小于100bp 的 D.S DNA分子比较 片段愈短， 变性愈快，Tm值愈小 ☆ 盐浓度的影响 当Na+浓度低 屏蔽作用小 斥力加强 Tm ↓ 2. DNA 分子的复性 (anneal or renaturation) D.S DNA S.S DNA Denaturation ▲ ▼ Renaturation 复性过程依赖于单链分子间的随机碰撞 ( Depends on the collision of complementary S.S. DNA ) 影响DNA复性过程的因素 ： 阳离子浓度 0.18 ~ 0.2M Na+ 可消除polydNt 间的静电斥力 复性反应的温度 Tm - 25℃ (60-65℃) 以消除S.S. DNA 分子内的部分二级结构 S.S. DNA分子的长度 S.S. DNA愈长 → 分子扩散愈慢 → 复性愈慢 S.S, DNA 的初始浓度 C0 DNA 分子中, dNt 的排列状 (随机排列, 重复排列) * * Part I 绪论 1.1 分子生物学的发展简史 1.2 遗传物质的分子本质 1.3 基因、基因组和基因组学 1.2.1 什么是遗传物质？ DNA 1944, Avery DNA is the genetic material. 1952, Hershey (2) RNA 　　RNA病毒 （virus）,类病毒（viroid） (3) 朊病毒（prion） 是否存在核酸之外的其他遗传物质？ 1.2.2 DNA的一级结构 一级结构：4种脱氧核苷酸的连接及其排列顺序。 碱基 basic unit 脱氧核糖核苷 deoxyribonucleoside + + H2O 脱氧核糖核苷酸deoxyribonucleotide (dNt) H H 脱氧核糖核酸 deoxyribonucleic acid, DNA 脱氧核糖核苷酸以3’，5’磷酸二酯键 聚合成为脱氧核糖核酸（DNA）链。 链的一端的核苷酸有自由的5’磷酸基 团，称5’端；另一端核苷酸具有自由 的3’羟基，称3’端。 DNA链的方向就是从5’端到3’端。 DNA分子通常以线性或环状的形式存在。 大多数DNA由两条互补的单链构成。少 数生物的DNA，如某些噬菌体或病毒是 以单链形式存在的。 1.2.3 DNA的二级结构 二级结构：DNA双螺旋结构 Watson – Crick右手双螺旋结构 1，主链 2，碱基对 3，螺距 4，大沟和小沟 DNA分子 X 光衍射 科学家简介8 l? 蛋白质因子与DNA 的特异结合依赖于 氨基酸与DNA 间的氢键的形成 l?? 蛋白质因子沿大沟与DNA形成专一性 结合的机率与多样性高于沿小沟的结合 l? ?大沟的空间更有利于与蛋白质的结合 DNA双螺旋的大沟和小沟 影响双螺旋结构稳定性的因素 碱基堆积的棒状实体 l?????? 氢键 弱键, 可加热解链 氢键堆积, 有序排列 (线性, 方向)? l?? 碱基堆积力 同一条链中的相邻碱基之间的非特异性作用力。 碱基堆集力的来源 疏水作用; 0.34 nm 嘌呤环与嘧啶环Van der Waal作用半径约为0.17nm； 碱基对间距0.34nm 累积的Van der Waal的作用力 l ? 磷酸基团间的静电斥力? l ? 碱基分子内能 磷酸基团的负电对DNA双链的稳定性起负作用。 阳离子可对之产生屏蔽。DNA溶液的离子浓度越低， DNA越不稳定。 碱基内能越高，氢键和碱基堆积力越容易被破坏， DNA双链越不稳定。 Z-DNA A-DNA B-DNA DNA螺旋的几种构象 右手双螺旋 右手双螺旋 左手双螺旋 B-DNA Watson – Crick右手双螺旋结构 相对湿度为92%时，DNA钠盐 纤维为B-DNA构象。 在天然情况下，绝大多数DNA 以B构象存在。 A-DNA 　　　　　A-DNA构象 相对湿度改变（75%以下）或 由钠盐变为钾盐、铯盐，DNA 的结构可成为A构象。它是 B-DNA螺旋拧得更紧的状态。 DNA-RNA杂交分子、RNA-RNA 双链分子均采取A构象。 Z-DNA 　　　　　　Z-DNA构象 在一定的条件下（如高盐浓度） DNA可能出现Z构象