微生物基因组学分析.ppt

易被水平转移的基因 难被转移的基因：informational genes 进化核心基因 易被转移的基因：operational genes 氨酰－tRNA合成酶基因 剪切因子 重组酶 DNA聚合酶 谢谢 Sulfolobus solfataricus：极端嗜热古菌；A.?pernix：嗜热古菌；Staphylothermus marinus：嗜热古菌 * Borrelia burgdorferi：伯氏疏螺旋体；Treponema pallidum：梅毒螺旋体 * * * * * * Orthologs clusters identification among multiple genomes Pan-genome analysis for given strains Genome variation and SNP calling among given strains Evolutionary analysis based on pan-genome and SNP Orthologs clusters function analysis * 随着基因组数量的增多，Streptococcus pyogenes strains core genomes 是收敛的 pan-genome是开放的，显示了不断地从外界转移新的基因 * 这个主要展示一下宏基因组/宏转录组的应用 * 同种蓝色线路标识的是宏基因组分析，绿色线路标识的是宏转录组非核糖体序列分析，黑色标示共用，粉色表示宏转录组核糖体序列分析 * Figure 1 Saturation assess from different aspects. A, assembly saturation of contig length; B, phylogeny saturation at genus level by PhymmBL; C, functional saturation of COG; D, functional saturation of KEGG, Ks indicate K numbers. * Figure 2 Taxonomic result of ErYuan hot spring at order rank by three methods—RDP, PhymmBL and MEGAN. 物种组成，饼图是16SrRNA结果 * 将我们的宏基因组和全基因组测序的细菌进行比对，前10个结果 * Fig4. Cluster analysis about HS comparing with other 17 samples of taxonomy at order level by PhymmBL. The row indicated microbes and column indicated samples. 物种组成的比较宏基因组学分析 * Figure 3. Functional potential of Er yuan hot spring. A,COG profiles; B, KEGG pathways. 总体和优势菌（order）的功能特征 * Fig5. Cluster analysis of functional profiles about HS comparing with other 17 samples, COG and KEGG showed in A and B, respectively. The row indicated COG categories and KEGG pathways and column indicated samples. 这是热泉比较宏基因组功能分析结果，HS，HDS以及YS代表热泉环境（加红线表示，其中HS，HDS，YS3，YS4是细菌为主，YS1，YS2，YS5是古菌为主），S是盐湖，F是淡水，PW是污水。通过比较宏基因组学分析，发现同一个生境的功能趋于一致，同时这个图还提示我们细菌和古菌可能存在不同的热适应机制，见红色括号标注（这几个通路在细菌为主的热泉中比较富集，颜色表示相对百分比） * 热泉的氮代谢。 Figure10. pathway map of Nitrogen metabolism. yellow eclipses represent compounds, green boxes represent the enzyme found in our data. * 进一步分析是针对具体项目的目标进行的分析 DNA和RNA水平嗜热机制的研究（GC）. Figur