药理学专论GeneOntolology研讨.ppt

基因本体论与GO技术;引 言;本体论的哲学基础;西方哲学分类;基因注释数据库 ;生物学与计算机信息学的矛盾;一、基因本体论（gene ontology）;Gene Ontology widely adopted ;GO的三级语义词汇标准;本体论（The ontologies）介绍; GO 的具体定义; GO 的具体定义;;语义之间的关系及其组织结构;关系表示的几点约定;基本关系图示;;语义关系的推导1;语义关系的推导2;语义关系的推导3;调节控制关系（regulate）与推导1;调节控制关系（regulate）与推导1;调节控制关系的复合变换;本体论的组织结构;本体论的结构可视化;GO语义的注释（Annotation）;注释原理;二、GO 怎么用？;下载本体论文件和注释文件;;;;;;AmiGO的使用;;;;;;BAD的GO注册信息;;GO:0051712 : positive regulation of killing of cells of other organism GO词条关联图示法;;;;GO数据库的开放性;;二、GO的应用;GO语义检索;;;;;根据基因产物检索;;;“NOT”词条的涵义;未知序列的确认;;;;;;整合代谢途径分析;下面以人类编码葡萄糖磷酸变位酶的基因“PGM1”为例：首先进入KEGG首页，在首页顶端的输入框中输入类葡萄糖磷酸变位酶基因名称“PGM1” ;点击搜索按钮“GO”进入查询结果页面，该页面会列出针对基因“PGM1”在KEGG数据库中的搜索结果，除人类外，包含“PGM1”基因的物种条目也会被列出。;其中排在第一位的是人类基因“PGM1”的相关信息，点击该条目进入到详细信息页面。 该页面以表格的形式列出了该基因有关的详细信息，包括基因编号，基因的详细定义，所编码的酶的编号，基因所在通路，以及序列的编码信息。同时，在页面的右侧还提供了该基因在其他分子生物学数据库的链接，如OMIM、NCBI、GenBank等。;通过点击相应的链接，我们可以进入该基因相应信息的页面。在pathway这一栏中列出了该基因所在的生物学通路，点击编号为hsa00010（糖酵解/糖异生通路）的通路，进入到该通路的相应页面。该编号为hsa00010的通路页面以简单的几何图形显示出了糖酵解/糖异生相关生物过程。图中红色的方框即为基因“PGM1”所编码的酶，以此就可以通过该酶所在位置以及通路的拓扑结构来综合分析基因。 此外，可以通过页面顶部的下拉列表框来选择该通路在其他物种中的信息，也可以通过该列表框的选择来查看相关的基因、酶、反应、化合物等相关通路信息。;基因集功能富集分析 ;富集分析方法通常是分析一组基因在某个功能结点上是否过出现(over-presentation)。这个原理可以由单个基因的注释分析发展到大基因集合的成组分析。 由于分析的结论是基于一组相关的基因，而不是根据单个基因，所以富集分析方法增加了研究的可靠性，同时也能够识别出与生物现象最相关的生物过程。 ;富集分析中常用的统计方法有累计超几何分布、Fisher精确检验等。 ;富集分析（超几何分布）Fishers Exact Test;统计原理;累计超几何分布;基于不同的算法原理，可以将目前的常用富集分析工具分为三类：单一富集分析（singular enrichment analysis），基因集富集分析（gene set enrichment analysis），模块富集分析（modular enrichment analysis）。;这里以目前应用较为广泛的DAVID为例对基因集进行具体分析。DAVID是一个综合工具，不但提供基因富集分析，还提供基因间ID的转换、基因功能的分类等。 ;点击“Start Analysis”后，第一步为提交基因集，选择基因标识名和基因集类型；第二步得到注释结果摘要，包括多种注释数据；然后选择感兴趣的注释内容得到富集分析结果。;人民卫生出版社8年制及7年制临床医学等专业用《生物信息学》;功能分子基因列表;;;;基因功能预测 ;首先，从总体上宏观地概括抽取信息，如不同样本间、不同时间点间全部差异基因； 其次，通过GO或KEGG分析，即从GO分类结果找到实验涉及的显著功能类别或将差异基因映射到通路中，根据基因在通路中的位置及表达水平的变化算出受影响显著的通路，从而预测未知的基因功能等。;1. 对差异表达基因进行功能预测 在基因芯片的数据分析中，研究者可以找出哪些差异表达基因属于一个共同的GO功能分支，并用统计学方法检验结果是否具有统计学意义，从而得出差异表达基因主要参与了哪些生物功能。 2. 蛋白质互作网络用于基因功能预测 目前，利用相互作用网络进行功能注释主要有两种方法，即直接注释方法（direct annotation sc