高级生物化学专题二：模拟酶概念.ppt

专题之二模拟酶的基础知识及进展;2,　酶的促作用机理;二，对酶活性中心功能团的模拟;酶与底物的结合存在有别构效应;酶催化中心的组成;胰凝蛋白酶对肽键的水解机理（第一步）;胰凝蛋白酶的水解机理（第二步）;胰凝蛋白酶的水解机理（第三步）;酶高效催化的机理及实例;一.决定酶高效催化的机理;1.底物和酶的靠近(proximity)与定向(orientation) 在化学反应中，反应速度与反应物的浓度成正比，若在酶促反应系统中的催化场所—酶的活性中心，增加底物浓度，反应速度也会随之增加。 酶促反应加速的原因之一，就是使底物分子集中于酶的活性中心，大大提高这个区域底物的有效浓度，从而加速酶促反应速度。 曾测过某酶促反应中，溶液中的底物浓度为0.001mol/L,而在活性中心的底物浓度竟达到10mol/L，比溶液中高出一万倍！因此在酶活性中心区域的高底物浓度决定了高的反应速度。; 仅仅是靠近还不够，还需要酶和底物的反应基团在反应中彼此相互严格地定向，即酶活性中心的催化基团(氨基酸残基上的基团)定向于底物的反应基团。只有既靠近又定向，底物分子才能迅速的形成过渡态，加速反应的进行。; 2.底物变形(distortion)与电子张力(electron strain) 酶与底物结合后，底物发生变形，底物由基态变为激发态，降低了活化能，使酶促反应加速。 ;3.共价催化(covalent catalysis); 酶分子上的亲核基团有Ser-OH、Cys-SH、His-咪唑基等，这些富含电子的基团(有孤对电子)，攻击底物分子中电子云密度较小的亲电子基团，并供出电子，二者形成共价键，酶和底物形成一个不稳定的中间物，进而转变为产物。;4. 酸碱催化 (acid-base catalysis);广义酸基团（质子供体）;5.微环境效应;二.溶菌酶（lysozyme);1.底物、溶菌酶及酶和底物复合物的结构;溶菌酶的最适小分子底物;溶菌酶的结构;鸡蛋蛋清溶菌酶的氨基酸序列; 溶菌酶和底物结合的空间构象;溶菌酶----底物复合物;2. 催化作用机理 溶菌酶底物与酶活性中心的关系 溶菌酶活性中心上的Asp52氧原子距离底物敏感键(C-O键)中碳原子（D糖环氧原子）只有0.3nm，活性中心上另一个氨基酸 Glu35的羧基距离底物敏感键(C-O键)中氧原子也只有0.3nm，溶菌酶的活性中心的氨基酸残基与底物敏感键既靠近又定向。;; 底物D糖环构象发生变化 ; 酶与底物结合后，D 糖环构象发生变形，从正常的能量较低的椅式构象变为能量较高的半椅式构象。;Glu;Glu;3. 溶菌酶催化特点;对酶活性中心模拟的研究结果;三，对酶作用方式的模拟;固氮酶活性中心模拟物 左图为福州模型； 右图为厦门模型;;四，胶束催化;（一），环糊精(Cycloamylose);CD的一般性质;采用化学修饰可使CD有较多的疏水场;3，利用CD进行仿生反应;对CD进行修饰可提高对取代苯酚乙酸酯水解速率;B，裂解酶的模拟;苄基乙酰乙酸在CD催化下脱羧机理示意图;(二)，褐藻多糖铈配合物的水解酶模拟;反应条件：pH7.0,37℃下水解90min，BSA浓度为2.5mg.ml-1 作图数据是根据游离氨基酸及短肽与茚三酮反应生成紫色，在570nm处的吸光值，该值是已减除BAS本身的水解及对照后的两次测定平均值。 ;五，磷酯键水解酶模拟物研究进展;2, 其它键及键能;Retention time/min;2, Ce4+所引起的DNA裂解可获得天然酶解无法得到的DNA片断;3, Mechanism of DNA hydrolysis by Ce4+;Left: Dinucleotide analog of TpT, where the 5’ oxygen atom is replaced by sulfur. Right: The energy profiles for the hydrolysis of DNA at pH7 in the presence(the blue line)and the absence(the black line) of Ce4+;4，对Plasmid DNA的裂解作用;(三), Inorganic catalysts;B, The dinuclear Zn2+ complex(bottom figure)is active for RNA hydrolysis, whereas free Zn2+ ion is inactive.C, A dinuclear La 3+ complex for RNA hydrolysis has been also rep