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生物信息学在农业上的应用 摘 要：生物信息学是基因、基因结构、基因产物功能分析必不可少的技术手段。根据生物信息数据库的现状,讨论了生物信息学在农业上的应用,如挖掘新的基因、电子克隆及系统进化分析等。将生物信息学与常规育种技术相结合,对提高育种效率,创新遗传资源,加快作物改良进程都有重要意义。 关键词：农业;生物信息；数据库；基因；作物育种； Applications of Biological Information in Agriculture Student:wangpingyong Tutor:zhoumeilan (College of Agriculture, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China) Abstract :Biological information was the essential technique for agricultural science , which could be used to analyze the gene , the gene structure ,the function of gene product . The present situation of biological information database was introduced. The application of agricultural biological information in dredging up new gene , electric cloning and analysis of phylogenetic evolution was discussed. The combination of biological information and conventional breeding technique was important for improving breeding efficiency ,creating new genetic resources and boosting crop improvement . Key words: Agriculture ; Biological information ; Database ; Gene ; Crop breeding 1 前言 生物信息学(Bioinformatics) 是由生物科学、计算机科学、信息科学、应用数学、统计学等多学科交叉融合而成的一门新兴学科,由包括数据库、计算机网络和应用软件3 大部分构成[1] 。生物信息学以计算机为主要工具,开发各种软件,对日益增长的核苷酸、蛋白质的序列和结构等相关信息进行收集、储存、提取、分析和研究,同时建立理论模型,指导实验研究。生物信息学是进行农作物基因组学研究的基础,是基因、基因结构、基因产物功能分析必不可少的技术手段。随着遗传操作技术特别是动植物细胞基因转移技术的不断创新和完善,如外源基因在转基因禾谷类作物中的表达、“报告基因”用于植物的转化、优良性状基因的分离等一系列技术的突破,将生物信息学与常规育种技术相结合,对提高育种效率,创新遗传资源,加快作物改良进程都有重要意义[2] 。 2 生物信息数据库 数据库是信息处理的基础,而生物信息数据库则是生物信息工作的出发点。全世界的农学家、生物信息学家已充分认识到生物信息学与农业结合将推动农业的发展,高质量的完善的农作物生物信息数据库的建立将为农作物基因组学的研究奠定基础[3] 。 2. 1 　序列数据库　 序列数据库主要存放DNA 或蛋白质的序列信息, 著名的序列数据库有GENEBANK、DDBJ 、EMBL、SWISS2PORTPSD 等。GENEBANK序列数据库由美国国家生物技术信息中心(NCBI) 维护(http :/ / www. ncbi . nlm. ) ;EMBL 由欧洲生物信息学研究所( EBI) 维护( http :/ /www. ebi . ac. uk) ,SWISS2PORT 也由EBI 维护;DDBJ 由日本国立遗传学研究所维护( http :/ / www. ddbj . nig. ac. jp ) 。GENEBANK、DDBJ EMBL 共同构成“国际合作核酸数据库”,其每天都会交换数据,使这3 个数据库的数据同步。PIR国际蛋白质序列数据库( PSD) 是由蛋白质信息资源(PIR) 、慕尼黑蛋白质序列信息中(MIPS) 和日本国际蛋白质数据库(J IPID) 共同维护的国际上最大的公共蛋白质数据 库(http :/ / pir. geogetown. edu) 。 2. 2