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- 2016-09-10 发布于北京
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DNA条形码技术在真菌上的研究与应用.doc
DNA条形码技术在真菌上的研究与应用
摘要:DNA条形码技术通过标准化的小片段DNA序列对物种进行快速鉴定分析,在动植物和微生物分类鉴定中得到广泛应用,而在真菌鉴定研究中相对滞后。综述了DNA条形码的起源、发展及其在真菌研究中的应用,并探讨分析了DNA条形码技术存在的问题以及未来的发展。
关键词:真菌;DNA条形码;序列筛选
中图分类号:Q789;Q949.32 文献标识码:A 文章编号:0439-8114(2014)20-4790-06
DOI:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2014.20.005
DNA Barcoding and Its Application in Studying Fungi
XU Luo-na1, TU Min2,WANG Xiao-fang3
(1. College of applied science and technology, Hainan University, Danzhou 571737,Hainan, China;
2. Rubber Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737,Hainan, China;
3.Institute of Agricultural Quality Standards and Testing Technology,Hubei Academy of Agricultural Sciences,Wuhan 430064,China)
Abstract: DNA barcoding can provide an efficient method for identifying species rapidly with a standardized short sequence of DNA and is widely used in plants, animals and microorganisms. The study of fungal DNA barcoding is relatively lagging behind. The origin, development of DNA barcoding and its application in studying fungi was reviewed. The problems and prospects of DNA barcoding were discussed.
Key words: fungi; DNA barcoding; sequential selecting
DNA条形码技术(DNA barcoding)是通过一个或多个保守基因在各个物种间进行大范围的扫描,进而识别和鉴定物种或者发现新物种的技术[1]。传统分类学通过对物种进行描述和鉴定,完善并形成一套完整体系的信息检索系统,成功鉴定出170多万种生物。随着生命科学的发展,尤其是新兴的PCR技术、遗传分子学、高通量测序技术、生物信息学等新领域的出现,应运而生的DNA条形码技术不受生物生长时期形态学特征的干扰,能客观准确地将物种区分并鉴定[2-6]。因此,建立一个基于标准分子序列的物种鉴定系统成为全世界科学家们的宏伟计划。然而,DNA条形码计划是一项需要分类学、信息学、软件处理、硬件研发、设备更新等方面协同作战的系统工程。本文就DNA条形码技术在真菌上的研究与应用进行探讨,对有效开展真菌的鉴定分类、监测检疫、多样性保护等具有重要意义。
1 DNA条形码的起源与发展
DNA条形码概念起源于2003年在美国冷泉港由Alfred Sloan基金会主办的DNA条形码科学性和社会功能研讨会。其被Hebert博士首次提出,即利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基I基因(Cytochrome c oxidase subunit I, COI)的一段特殊区域作为DNA条形码的基础序列,通过比较不同物种间该段序列间的差异进行物种鉴定[7]。该概念的提出受到了科学界的重视,因为它可准确地将刺胞动物门(Cnidaria)外的共计11个门的13 320个个体逐一鉴别[8,9]。如同商品条形码使用扫描仪就能识别条形码信息一样,将DNA条形码与数据库中已知的条形码进行比对,即可鉴别出具体的类别。会议提出了国际DNA条形码计划(International barcode of life project,iBOL)。2004年在美国华盛顿国家自然历史博物馆创立了生命条形码联盟(Consortium for the barc
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