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葡萄NAC转录因子的生物信息学分析 摘 要：NAC基因家族是高等植物所特有的一类转录因子家族，广泛参与植物生长发育、逆境胁迫应答等反应。通过对71种葡萄NAC蛋白与22种其他物种NAC蛋白的生物信息学分析，对与非生物逆境胁迫相关的12种NAC蛋白的染色体定位、理化性质、亲/疏水性、二级结构及亚细胞定位等进行了分析和预测。结果显示，葡萄NAC蛋白共分为5大类，与非生物逆境相关的NAC蛋白聚集在第Ⅲ类。分析显示不同NAC蛋白间氨基酸、疏水性及稳定性之间存在一定差异，二级结构主要为随机卷曲等。分析结果可为进一步研究通过葡萄NAC基因调控葡萄的生长与抗逆机制提供参考。 关键词：葡萄；非生物胁迫；NAC转录因子；生物信息学 中图分类号： 5663.1 文献标识码：A DOI编码：10.3969/j.issn.1006-6500.2014.05.008 提高葡萄对非生物胁迫的耐受性对提高葡萄的产量具有重要作用。很多转录因子在改进植物胁迫耐受性方面发挥着重要作用[1-2]。NAC转录因子是植物特有的一类蛋白家族，诸多研究显示[3-5]，NAC家族成员能够激活非生物胁迫相应基因，提高植物对非生物胁迫的耐受性[6-7]。Fang等[8]系统地分析了水稻中的140个NAC或NAC类基因，并将其划分为5大组，逆境胁迫相关的NAC聚在第3组。本研究利用生物信息学的方法从葡萄基因组水平上对NAC基因家族进行分类，并对与非生物胁迫相关的NAC基因进行了分析，为进一步研究葡萄NAC类转录因子提供依据。 1 材料和方法 1.1 材 料 通过北京大学植物转录因子数据库（TFDB， http：///）获得其中收录的71条葡萄NAC基因，依次命名为VvNAC1-71。通过美国生物信息技术中心（NCBI，http：///）搜索相应资料。获得已发表的其它物种的NAC蛋白作为参考标准，包括16种逆境胁迫基因（ATAF1， CsNAC， GmNAC2， RD26， ANAC055， ANAC019， AhNAC2， AhNAC3， AmNAC1， SsNAC23， SNAC1， SNAC2， TaNAC3， ZmNAC1， OsNAC6， StNAC）和6种生长发育相关基因（OsNAC7， NAC1， CUC3 NAM， GRAB2， NAC2）。 1.2 方 法 1.2.1 NAC蛋白氨基酸序列比对及系统发生树构建 利用clustal软件进行氨基酸多重序列比对，利用MEGA4中遗传距离建树法的相邻链接法（NJ）进行建树，对生成的进化树进行Bootstrap（自引导）校正，生成系统发生树。 1.2.2 NAC基因结构分析及染色体定位 通过葡萄基因组数据库（http：///cgi-bin/gbrowse/grape）进行染色体定位，在NCBI数据库（http：///Structure/cdd/wrpsb.cgi）中搜索保守结构域。 1.2.3 NAC基因一级结构及理化性质分析 利用ExPaSy提供的ProtParam程序（http：///protparam/）进行理化性质分析。利用ProtScale程序（http：///cgi-bin/protscale.pl）对翻译后的氨基酸序列做疏水性分析。磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用NetPhos2.0 Server程序（http：//www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/）做磷酸化位点分析，对蛋白序列中的丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）3种氨基酸残基可能形成的磷酸化位点作出预测。 1.2.4 二级结构分析及亚细胞定位 运用PBIL LYON-GERLAND信息库（http：//npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa automat.pl page /NPSA/npsa_hnn.html）对蛋白质序列进行二级结构预测（Secondary structure prediction）。通过WoLF PSORT工具（http：//wolfpsort.seq.cbrc.jp/）基于其氨基酸序列预测蛋白质亚细胞定位点。 2 结果与分析 2.1 系统发生树 通过系统进化分析，葡萄NAC转录因子家族共分5个大类（图1），每大类也各有不同。第Ⅰ大类包含17个葡萄NAC基因，在6种发育相关的NAC基因中，除拟南芥NAC2[9]基因位于第Ⅵ大类外全部位于第Ⅰ大类，推断第Ⅰ大类NAC基因与葡萄的生长发育相关。非生物逆境胁迫相关NAC基因全部位于第Ⅲ大类，位于此类的葡萄NAC基因共有12个，其中VvNAC45与VvNAC56两个基因同源性相对较低。其余NAC基因位于第Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ大类。其中第Ⅳ大类NAC基因数量最多。推测拟南芥NAC2基因位于第Ⅳ大类的原因可能是其序列特异性